可以应用。 CUT&Tag主要用于全基因组范围内的DNA-蛋白质结合位点分析/研究,包括存在于常染色质及异染色质区域的组蛋白类修饰及转录因子结合。当用于研究低丰度转录因子或存在于染色质压缩缠绕区的H3K27me3时,丰度较低会导致其文库产量也相比常规活跃型组蛋白修饰研究的文库产量低,但同样可以获得好的测序及数据分析结...
预测的引物一般不太靠谱,一般等第一次测序结果参考切割的140bp左右的片段去设计,设计产物在100bp左右。 Cut&Tag产物PCR小技巧 🧬 Cut&Tag产物可以跑PCR,需要在8-10DNA提取之后加入Stop Buffer,95度五分钟,磁力架取上清跑Q。 CDNA保存时间 ⏳ CDNA在-20度只能保存1-2周,如果需要跑Q可能需要重复试验。胶没有...
转录因子CUT&Tag,不得不说的“伤痛” 转录因子是一类特殊的蛋白质,通过与DNA特定序列结合,调控基因转录过程。CUT&Tag可以在活细胞中检测全基因组范围内转录因子的结合位点,是研究转录因子调控机制的利器。 但“高速运转”的细胞动态发生着转录翻译的生命活动,由于转录因子与基因组的结合具有动态或间接的特点,并非一直牢...
本文利用scATAC-seq和CUT&Tag技术,研究了视网膜细胞分化过程中的表观遗传景观变化,发现不同细胞状态的增强子活性差异可将视网膜细胞分组,并揭示了细胞发育轨迹中基因表达与表观遗传景观的关系。从nRPCs到tRPCs再到特定神经元的发育轨迹中,细胞状态特异性增强子的活性变化导致基因表达变化。转录因子在调控表观遗传景观和基...
近日,浙江省农科院徐盛春研究员及其团队成员开发了生物素标记的Tn5转座酶介导的CUT&Tag (B-CUT&Tag)方法,并成功应用于植物转录因子与DNA互作研究。该技术首次报道了利用CUT&Tag在植物中鉴定转录因子结合位点,提供的B-CUT&Tag流程可以...
tsCUT&Tag技术流程概要如下(图1A):先从特定组织中分离植物原生质体,例如玉米黄化苗和水稻绿叶鞘等。将转录因子克隆到pM999-GFP载体中,在分离的原生质体中瞬时表达。收集大约105个成功转染的活细胞,立即固定在ConA Beads上,并用5% Digitonin...
3. 通过CUTTag确定结合波形蛋白 4. 筛选众多候选基因,确定EGR1/EZH2/HDAC9复合物和EBF3的相互作用 实验结果 EBF3 在转移性 NPC 中高表达并与低生存率相关 为了识别可能驱动肿瘤进展和转移的潜在转录因子,作者通过对鼻咽癌有无转移的组织进行RNA-seq以及ONCOMINE数据库中的分析,发现EBF3在有转移的NPC组织中显著上调...
从原理上看,cut&tag是一项酶栓系 (enzyme-tethering)策略,它首先利用抗体在完整的细胞或者细胞核内识别靶标蛋白, 随后加入protein a/g融合的tn5转座酶识别与靶标蛋白结合的抗体,因此,tn5转座 酶被栓系在靶标蛋白及其结合的染色质附近,在镁离子的作用下,tn5转座酶对临近 的染色质进行切割并加入dna接头,产生...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进,单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立,并且在动植物种中都得到了很好的尝试。 对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...