CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理 3. CUT&RUN实验流程 那么接下来我们将详细讲解CUT&RUN的实验...
4️⃣ 回收与检测:回收切割的DNA片段,用于qPCR检测或NGS建库测序。📈 CUT&RUN与CUT&Tag的比较Henikoff实验室在2019年推出了另一种方法CUT&Tag,它适用于更少量细胞,步骤也更简单。CUT&Tag解决了极少量细胞甚至单细胞的修饰组蛋白分布分析,极大推动了单细胞水平的表观遗传学调控研究。虽然CUT&Tag有其局限性,但...
首先,对于CUT&RUN实验本身,其中pA-MNase酶的加入是关键因素,在文章中,作者探究了在500µl的体系中对60万个K562细胞加入不同浓度的pA-MNase消化30分钟后,检测H3K27me3的基因组的荧光强度,结果可以看出CUT&RUN对pAG-MNase的浓度相对不敏感,其中将pA-MNase的浓度提高到约100ng/ml以上,几乎没有其他释放(图2)。...
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始...
CUT&RUN实验同样需要对照来确保结果的可靠性和特异性。以下是一些常见的对照类型: 阴性对照(Negative Control): IgG对照:使用同型匹配的非特异性IgG抗体进行免疫沉淀,以检测非特异性结合。 无抗体对照:不添加任何抗体,只使用蛋白A/G偶联的微球进行处理,以评估背景信号。
CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked细胞(翻译成轻微固定的细胞?),样品固定一般用于研究一些染色质瞬时作用因子和某些PTMs。 当然你也可以提取nuclei,这种方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白。另外,当你的实验材料是免疫细胞时,也推荐提取nuclei,因为ConA beads可以激活某些免疫细胞。还有要提一下的是所有的材料都可以低...
CUT&RUN文库构建实验操作演示(HD102), 视频播放量 1086、弹幕量 1、点赞数 16、投硬币枚数 3、收藏人数 16、转发人数 6, 视频作者 诺唯赞, 作者简介 离5万粉丝还有亿点点的科研搭子 官网:https://www.vazyme.com/ TEL:400-600-9335 ,相关视频:化学实验操作(合),CUT&
EpiNext CUT&LUNCH 检测试剂盒特色: 快速方案:在不到2小时内完成实验。 低非特异性背景:仅有3-5%的非特异性DNA结合。 高特异性和分辨率:DNA在富集目标蛋白质区域的两端被选择性地切割。 具有成本效益:与传统的CUT&RUN实验相比,每次反应的价格几乎是一半。
Henikoff实验室提出的CUT&RUN(Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease)是一种研究各种染色质相关蛋白及其修饰的全基因组分布的表观遗传学方法。类似于ChIP(chromatin immunoprecipitation),CUT&RUN也是利用抗体靶向染色质相关修饰和蛋白,但其所需细胞量和测序深度比传统ChIP更低。
● 操作步骤简单:CUTANA™ CUT&RUN在3天内即可完成从细胞到文库的建立。还适用于多道移液器和8联排管,提高了分析的重复性和通量。 ● 测序成本降低:只需要300 - 800万个测序读段,高通量测序可以检测更多样本。 ● 减少实验中需要优化的步骤:如上所述,CUT&RUN跳过了ChIP-seq中最具挑战性的部分(染色质片段...