在CUT&RUN中,抗体靶向目标蛋白从而结合在完整细胞中的染色质上,然后微球菌核酸酶 (MNase) 在目标蛋白结合位点特异性地剪切DNA,所释放的DNA片段被纯化、测序并定位到参考基因组序列上,就可推断出蛋白在DNA上的结合位点。ChIP需要将蛋白与DNA交联,这一步可能导致假阳性,而CUT&RUN不需要交联反应。 作为研究染色质相关...
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将pA/MNase添加到样品中以启动碎裂。这种融合蛋白在与感兴趣的蛋白质相互作用的特定区域剪切DNA——在这种情况下,该蛋白质是HIF1α。通过向样品中加入CaCL2溶液来激活MNase,将DNA片段释放到上清液中。CUT&RUN片段用蛋白酶K处理1小时,然后分离DNA进行测序。
以CST 备受欢迎的CUT&RUN试剂盒#86652为例:首先将细胞固定在伴刀豆球蛋白A磁珠上,然后用洋地黄皂苷通透细胞膜,加入一抗和pAG-MNase(Protein A-Protein G-微球菌核酸酶),一抗募集pAG-MNase到靶蛋白上,0度条件下添加Ca2+激活pAG-MNase,并切割靶蛋白两侧的DNA,使其从基因组中释放出来,扩散到上清中。上清中的DNA...
为了解决这些问题,EpiGentek开发了两种新技术—CUT&RUN Fast和CUT&Tag In-Place-Sequencing,用于快速富集与蛋白质结合的DNA,并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用图。新技术具有“两高一低”的优势:高分辨、高时效以及低输入。 这两种技术将ChIP-exo、ChiPmentation、CUT&RUN测序的优势与多合一试剂盒的快速程序相结合,...
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN),与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样, 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术。该技术自2020年问世以来,以所需细胞量少、背景低、易操作等多种优势,被广大科研工作者所青睐,也收到了来自终端用...
图1.CUT&RUN实验流程图 (Skene et al., 2018)。 2019年,Steven Henikoff团队使用pA-Tn5替代pA-MNase,推出了CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术,其原理与CUT&RUN类似,首先通过刀豆蛋白A包被的磁珠(ConA beads)吸附细胞(与细胞膜上的糖蛋白结合),通过洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”,在抗体引导...
CUTANATM CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS EpiCypher的CUTANA™ CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS为用户提供了染色质定位实验的细胞-测序解决方案,该试剂盒包含了从细胞到测序流程中所有必要的对照以及验证试剂,充分确保实验能够获得高质量数据。 √ CUT&RUN首推产品! √ 功能全面,新人必备!√ 兼容性强:新鲜、冷冻...
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CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca??激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合:...