在真核生物中，粘连蛋白Cohesin将基因组DNA挤压成环，CTCF则通过限制这一过程形成DNA拓扑关联结构域（Topologically associating domains，TADs），在发育和疾病发生过程中对基因调控有重要作用【1-2】。但是CTCF是如何确定拓扑关联结构域边界以及Cohesin是如何参与其中的还不得而知。近日，奥地利维也纳生物中心Jan-Michael P...
其二要检验Cohesin介导的loop是否可以在此模型中被CTCF所Block;下图中可以看见游离的CTCF在结合到DNA上的位点前是呈无规律运动的,当约6min后其位置稳定下来,说明其已经能够介导的DNA的位点上(30min后荧光消失可能是蛋白降解了)。
进一步的核磁主链动力学、残余偶极耦合和小角X射线散射实验证实了在未结合核酸状态下,CTCF ZFs 1-11具有相当的柔性。来自于原钙粘蛋白基因簇的两段不同DNA片段和CTCF ZFs 1-11的核磁结合实验表明CTCF采用不同区段锌指、以不同的结合强度进行应答;结合CTCF ZFs 1-11的化学位移指认,从而可系统性地研究染色质上的...
【Nature | Cohesin-CTCF锚定DNA环的结构基础】黏连蛋白(Cohesin)催化基因组折叠形成DNA环,而这些环被CTCF所锚定。细胞间期的基因组会通过黏连蛋白以及CTCF的作用折叠成3D结构,这些结构因子与其他的调控因子相互作用从而调控基因的表达。但是一直以来黏连蛋白以及CTCF是如何将基因组折叠形成3D基因组结构其中的分子机制...
CTCF具有方向性,并确定DNA环开始和结束的位置 DNA结合蛋白CTCF被发现在基因组的DNA环定位中起着关键作用。Dekker指出,“如果你把DNA想象成一条绳子,CTCF好比旗帜一样被固定在两个位点上,黏连蛋白从一个旗帜到另一个旗帜制造DNA环,但前提是CTCF的定位正确。只有CTCF蛋白的一侧能够与黏连蛋白相互作用。然后,它并不总...
and Yu, X. (2017). CTCF participates in DNA damage response via poly(ADP-ribosyl)ation. Sci. Rep. 7, 43530.Han D, Chen Q, Shi J, Zhang F, Yu X. CTCF participates in DNA damage response via poly(ADP-ribosyl)ation. Scientiic Reports. 2017;7:43530...
摘要 本发明公开了一种多功能转录调控因子CTCF的DNA结合位点CTCF_33的新用途,即其在制备用于结直肠肿瘤早期诊断试剂盒中的应用,该结合位点核苷酸序列如SEQIDNO:1所示;本发明提供的CTCF结合位点无论是检测结直肠腺瘤还是结直肠癌的准确性都要显著高于已报道的DNA甲基化分子标记;而且CTCF的DNA结合位点还有可能成为肿瘤治...
4. DNA甲基化在体内调节APA HEATR2和NFYA基因的实验数据展示了一种DNA甲基化调控APA的模型,在这个模型中,CTCF结合到两个动态poly(A)间的非甲基化APA调控区,进一步通过建立黏连蛋白介导的染色质环以此阻碍转录延伸,促使近端poly(A)位点的使用。相反,APA调控区域DNA的甲基化阻碍CTCF结合,因此妨碍染色质环的形成,促使...
In addition, CTCF has been implicated in gene regulation through the formation of promoter-enhancer loops, but it is not clear if cohesin or RNA is the cofactor in this process. To address this limitation, I sought to define and alter the DNA-binding determinants of CTCF so as to ...
摘要 本发明公开了一种多功能转录调控因子CTCF的DNA结合位点CTCF_113的新用途,即其在制备用于结直肠肿瘤早期诊断试剂盒中的应用,该结合位点核苷酸序列如SEQIDNO:1所示;本发明提供的CTCF结合位点无论是检测结直肠腺瘤还是结直肠癌的准确性都要显著高于已报道的DNA甲基化分子标记;而且CTCF的DNA结合位点还有可能成为肿瘤治...