近日，奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature 发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion，通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化，发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程，且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界，是TAD形成的必...
近日,奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion,通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化,发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程,且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界,是TAD形成的必要...
1.CTCF-Cohesin环挤出的体外可视化模型,即将一条DNA两端固定,将染料标记的纯化或重组CTCF/Cohesin单分子蛋白(Cohesin的复合物亚基)加载到DNA上,在有/无Buffer的情况下用HILO显微镜记录DNA、CTCF蛋白的位置(后续也记录loop的大小、loop与CTCF的距离等等参数) 2.磁镊介导的Cohesin移动步距模型(是在上面的模型基础上构建...
8 Fudenberg, G. et al. Formation of Chromosomal Domains by Loop Extrusion. Cell Rep 15, 2038-2049, doi:10.1016/j.celrep.2016.04.085 (2016). 9 Kim, Y., Shi, Z., Zhang, H., Finkelstein, I. J. & Yu, H. ...
CTCF常常位于TAD和loop的边界,起到“隔离子”的作用。近年来提出的loop extrusion模型也认为CTCF和cohesin的协调作用是loop形成的普遍机理。然而,虽然有了假设,人们却一直不清楚CTCF是如何作用于染色质,并导致复杂结构的形成。CTCF蛋白的各个结构域,除了同DNA结合的11-ZF外,它们的功能是什么,也没有得到解答。 2019年...
黏连蛋白(cohesin)让DNA成环 一个多世纪以来,人们已经知道细胞核中的DNA长链被整齐地折叠成染色体的特有形状,就像瓶刷一样,为细胞分裂做准备。在细胞分裂之间,染色体经组装后形成DNA环(loop),这些DNA环对调节遗传信息的加工很重要。 2018年,Dekker和他的团队首次将诸如凝缩蛋白(condensin)和黏连蛋白之类的SMC蛋白复...
除了CTCF之外,已有报道参与DNA复制的MCM复合物和介导基因转录的RNA聚合酶在一定程度上也能发挥粘连蛋白障碍物的作用。此外,STAG亚基能直接结合DNA、RNA以及R-loop。为了验证R-loop是否起到阻止粘连蛋白移位的作用,研究人员引入dCas9/dCas12a...
10 Davidson, I. F.et al.DNA loop extrusion by human cohesin.Science366, 1338-1345, doi:10.1126/science.aaz3418 (2019). 11 Tang, Z. H.et al.CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription.Cell163, 1611-1627, doi:10.1016/j.cell.2015.11.024 (2015)...
(相关论文:CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion O网页链接)研究团队对体外单个CTCF分子(封面所示为粉色)与黏连蛋白(蓝色)之间的相互作用进行了可视化,发现CTCF足以阻断黏连蛋白的环挤出过程。他们还发现,CTCF不仅能以方向依赖的方式中断环挤出过程,有时还能导致环缩小或改变其...
10 Davidson, I. F.et al.DNA loop extrusion by human cohesin.Science366, 1338-1345, doi:10.1126/science.aaz3418 (2019). 11 Tang, Z. H.et al.CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription.Cell163, 1611-1627, doi:10.1016/j.cell.2015.11.024 (2015)...