CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践,涉及干细胞、软骨,神经元、胎盘,各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析,ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽,应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
RNA-seq结果显示,染色质loop的变化也进一步影响到启动子区有CTCF结合的下游基因表达水平。 CTCF-s过表达时CTCF和RAD21结合变化(左)及染色质成环变化(右) 鸠占鹊巢,种下凋亡祸端 通过干扰染色质空间构象并影响基因表达,CTCF-s还可能产生更为深远的影响。GO分析显示CTCF-s上调的基因参与了I型干扰素信号传导和凋亡,...
首先,作者通过对发育中的小鼠四肢进行CTCF ChIP-seq,确定在Epha4-Pax3(简称EP)边界区域存在6组CBSs。并且,由CBSs所编码和调控的EP元件具有绝缘性能。边界区域往往主要由CBSs构成,这也提示了此位点数目很可能与其功能相关。作者确定,CBS的数目的确可以影响其绝缘性,但每一个位点的独特特征是决定边界区域生物学...
利用拟胚体分化实验,研究人员发现CTCF突变对内胚层和外胚层相关基因表达影响很小,但却导致心肌中胚层相关基因的表达显著下调。RNA-seq结果也揭示CTCF-K20突变导致中胚层心肌分化相关基因的表达下调,表明CTCF-K20突变抑制了mES细胞向早期中胚...
接下来他们猜测染色质环化调控因子CTCF可能调控与T细胞亚型特异性基因表达相关的基因组组装,CTCF的表达随着效应T细胞分化而上调,为了比较不同T细胞亚型的CTCF结合位点,他们对不同T细胞亚型进行了CTCF CHIP-seq和Cut&Run,亚型特异性CTCF结合模式与染色质相互作用增加相关,幼稚T细胞相关的CTCF结合随着效应分化而减弱。
RNA-seq显示,Fat1的表达因D1和D2基因缺失而受严重破坏,但不受新出现的Zfp42R基因影响。同时,Zfp42R基因在野生型和所有突变体中均不活跃。因此在后来的发育中,Fat1的表达是由其古老TAD调节环境和远端增强子驱动的,但这些对Zfp42R基...
首先,作者通过对发育中的小鼠四肢进行CTCF ChIP-seq,确定在Epha4-Pax3(简称EP)边界区域存在6组CBSs。并且,由CBSs所编码和调控的EP元件具有绝缘性能。边界区域往往主要由CBSs构成,这也提示了此位点数目很可能与其功能相关。作者确定,CBS的数目的确可以影响其绝缘性,但每一个位点的独特特征是决定边界区域生物学功能之所...
将RBRi替换后,小鼠细胞内TAD的数目和强度都有所减少,其中大部分同TAD边缘CTCF和Cohesin的ChIP-seq信号变化一致。RBRi的替换也使得Micro-C热图上的条带(strip)变长,这符合loop extrusion模型的假设。而loop的改变更为有趣--有些loop完全明显削弱(38%~57%),而有些loop却完好无损,甚至增强了。研究者于是将loop...