研究者进一步通过多组学数据的整合分析(包括染色质可及性全基因组鉴定技术、转录组时序分析、高通量染色质构象技术和CTCF基因组结合位点捕获技术),研究发现,红系祖细胞中CTCF快速降解后,数千个特定的染色质可及性区域显著下降,而仅有数...
CTCF motif orientation analysis. The genome-wide set of motifs was obtained from the ENCODE motif repository27. Sets of contacts were first filtered for contacts in which each contact end overlapped only a single CTCF motif match. The proportion of contacts with convergent (+ strand motif on ...
研究者首先针对环挤压机理构建概率模型,他们认为CTCF环的形成与否依赖于以下几个因素:1)CTCF蛋白的结合强度,其概率可使用CTCF结合的化学平衡描述;2)Cohesin在染色质上移动时的随机解离,其概率可使用一个随距离指数衰减项描述;3)CTCF motif的朝向,...
接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
而DUX4和CTCF motif距离分布均匀(图6G)。总之,本文系统地揭示并验证了CTCF介导和招募的主要共调控因子,通过编织和改变染色质可及性来实现下游转录调控,并证明了多组学分析方法是强大的,可以识别不具有明显表达变化的隐藏主调控因子。 图6 多组学分析CTCF调节下游基因表达的主共调控因子...
而DUX4和CTCF motif距离分布均匀(图6G)。总之,本文系统地揭示并验证了CTCF介导和招募的主要共调控因子,通过编织和改变染色质可及性来实现下游转录调控,并证明了多组学分析方法是强大的,可以识别不具有明显表达变化的隐藏主调控因子。 图6 多组学分析CTCF调节下游基因表达的主共调控因子...
CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF...
细胞周期蛋白 B 含有有丝分裂期特异性降解结构域(Mitosis-specific degradation motif,MD),当细胞进入有丝分裂中期后,MD 激活泛素介导的蛋白降解途径,迅速降解周期蛋白 B。将 MD 与特定目的蛋白融合,即可实现特定蛋白的高效降解。 早期由于进行基因组编辑比较困难,人们通常将 MD 与目的基因整合至染色体外表达载体,再...
Our results suggest that DeepCTCFLoop can accurately distinguish the convergent CTCF motif pairs forming chromatin loops from the ones not forming loops. It significantly outperforms CTCF-MP, a machine learning model based on word2vec and boosted trees, when using DNA sequences only. Moreover, ...