研究者首先针对环挤压机理构建概率模型,他们认为CTCF环的形成与否依赖于以下几个因素:1)CTCF蛋白的结合强度,其概率可使用CTCF结合的化学平衡描述;2)Cohesin在染色质上移动时的随机解离,其概率可使用一个随距离指数衰减项描述;3)CTCF motif的朝向,对三种朝向(反向向内,同向,反向向外)分别取一个常数描述;4)周围CTCF...
研究者首先针对环挤压机理构建概率模型,他们认为CTCF环的形成与否依赖于以下几个因素:1)CTCF蛋白的结合强度,其概率可使用CTCF结合的化学平衡描述;2)Cohesin在染色质上移动时的随机解离,其概率可使用一个随距离指数衰减项描述;3)CTCF motif的朝向,...
接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF融...
接下来,作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现,在全基因组水平,特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体(motif)定向,而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现,CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。
当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为边界停止环挤压并可以形成绝缘的邻域(insulated neighborhood),从而减弱环内的调控序列与外部序列间的互作。此外,CTCF环还可稳定增强子-启动子间的连接,帮助细胞建立谱系特异的...
而DUX4和CTCF motif距离分布均匀(图6G)。总之,本文系统地揭示并验证了CTCF介导和招募的主要共调控因子,通过编织和改变染色质可及性来实现下游转录调控,并证明了多组学分析方法是强大的,可以识别不具有明显表达变化的隐藏主调控因子。 图6 多组学分析CTCF调节下游基因表达的主共调控因子...
ctcf介导染色相互作用类型motif CTCF 介导不同类型染色质相互作用的研究 第 1 章 前言 1.1 研究背景 CCCTC 序列结合因子,即 CTCF,是一种广泛表达的多功能锌 指蛋白,具有经典的 C2H2 型 DNA 结合结构域,其蛋白序列结构 如图 1.1 所示。CTCF 目前被认为是脊椎动物中唯一的绝缘子蛋 白,从果蝇到哺乳动物,其氨基酸序...
Motif sequence does not significantly predict degradation behavior, but location at chromatin boundaries and chromatin loop anchors, as well as co-occupancy with cohesin, are associated with delayed degradation. Single-molecule tracking experiments link chromatin residence time to CTCF degradation kinetics,...
V. et al. A novel sequence-specific DNA binding protein which interacts with three regularly spaced direct repeats of the CCCTC-motif in the 5′-flanking sequence of the chicken c-myc gene. Oncogene 5, 1743–1753 (1990). CAS PubMed Google Scholar Heger, P., Marin, B., Bartkuhn, M...