研究者进一步通过多组学数据的整合分析(包括染色质可及性全基因组鉴定技术、转录组时序分析、高通量染色质构象技术和CTCF基因组结合位点捕获技术),研究发现,红系祖细胞中CTCF快速降解后,数千个特定的染色质可及性区域显著下降,而仅有数...
研究者首先针对环挤压机理构建概率模型,他们认为CTCF环的形成与否依赖于以下几个因素:1)CTCF蛋白的结合强度,其概率可使用CTCF结合的化学平衡描述;2)Cohesin在染色质上移动时的随机解离,其概率可使用一个随距离指数衰减项描述;3)CTCF motif的朝向,...
接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF融...
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
而DUX4和CTCF motif距离分布均匀(图6G)。总之,本文系统地揭示并验证了CTCF介导和招募的主要共调控因子,通过编织和改变染色质可及性来实现下游转录调控,并证明了多组学分析方法是强大的,可以识别不具有明显表达变化的隐藏主调控因子。 图6 多组学分析CTCF调节下游基因表达的主共调控因子...
而DUX4和CTCF motif距离分布均匀(图6G)。总之,本文系统地揭示并验证了CTCF介导和招募的主要共调控因子,通过编织和改变染色质可及性来实现下游转录调控,并证明了多组学分析方法是强大的,可以识别不具有明显表达变化的隐藏主调控因子。 图6 多组学分析CTCF调节下游基因表达的主共调控因子...
Our results suggest that DeepCTCFLoop can accurately distinguish the convergent CTCF motif pairs forming chromatin loops from the ones not forming loops. It significantly outperforms CTCF-MP, a machine learning model based on word2vec and boosted trees, when using DNA sequences only. Moreover, ...
细胞周期蛋白 B 含有有丝分裂期特异性降解结构域(Mitosis-specific degradation motif,MD),当细胞进入有丝分裂中期后,MD 激活泛素介导的蛋白降解途径,迅速降解周期蛋白 B。将 MD 与特定目的蛋白融合,即可实现特定蛋白的高效降解。 早期由于进行基因组编辑比较困难,人们通常将 MD 与目的基因整合至染色体外表达载体,再...
CTCF与CTCF-s结合峰的差异(左)和结合motif的变化(右) “兄弟阋墙”,“小弟”屈居下风 CTCF和CTCF-s“兄弟俩”具有相似的DNA结合模式,在体外实验中竞争性结合DNA,细胞内情况会更复杂一些。利用CTCF N末端特异性抗体进行的ChIP-seq数据显示,在过表达CTCF-s(带FLAG标签)的细胞中,多数CTCF结合位点(下图Cluster 2)未...