接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
这样,cohesin就能将位于同一loop内或邻近loop anchor的增强子和启动子聚在一起。当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为边界停止环挤压并可以形成绝缘的邻域(insulated neighborhood),从而减弱环内的调控序列与外部序列...
CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF融...
ctcf介导染色相互作用类型motif CTCF 介导不同类型染色质相互作用的研究 第 1 章 前言 1.1 研究背景 CCCTC 序列结合因子,即 CTCF,是一种广泛表达的多功能锌 指蛋白,具有经典的 C2H2 型 DNA 结合结构域,其蛋白序列结构 如图 1.1 所示。CTCF 目前被认为是脊椎动物中唯一的绝缘子蛋 白,从果蝇到哺乳动物,其氨基酸序...
接下来,作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现,在全基因组水平,特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体(motif)定向,而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现,CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。
1.3 CTCF结合序列分析 分析CTCF蛋白ChIP-seq数据,确定HOXD基因簇区域CBS位点分布情况;利用MEME[57]软件分析获得CTCF的结合基序(motif),以此基序作为参考,使用FIMO[57]软件查找HOXD基因簇区域CTCF结合序列,并确定CBS方向。 1.4 细胞培养 HEK293T细胞用89% DMEM、10%胎牛血清和1%青链霉素双抗配制的完全培养基培养,在5%...
CRISPR/Cas9 系统存在一定的脱靶风险。一般认为前间区序列邻近基序(Protospacer adjacent motif, PAM)的类型,sgRNA 与靶序列结合的特异性以及不同的细胞类型都有可能影响到CRISPR/Cas9 系统的脱靶效概率。 为降低脱靶的风险,除提高 sgRNA 的特异性外,还可对Cas9 蛋白进行改造。主要策略有突变 Cas9 的一个具有酶切活...
结果发现,在两种细胞系中的免疫共沉淀均显示CTCF与病毒DNA的结合多于IgG对照,且在Xp区域显著富集(图2A),这一结果与基于motif(模体)的预测结果一致。从HepG2.2.15细胞纯化HBV染色质,分析其组蛋白修饰,发现抑制性H3K27Me3极少,与既往报...
3、讨论 Gusmao等人整合DNase-seq超敏位点和组蛋白修饰占位来检测开放染色质区域和活性结合位点[14],除此之外,前人还开发包括卷积神经网络(CNN)在内的多种新型评估工具[15]或算法[16],提取相关染色质特征[17]、柔性特征、模体(motif)、结构等特征用于提高转录因子结合位点或活性转录因子的识别能力。本文通过研究前...
CCCTC_s结.合因´子CTCF入核运输机制的初步研究,囊泡运输调控机制,市场机制的核心是,初步核实情况报告,价格机制的核心内容,初步核实方案,初步核实方案例文,初步核实呈批表,结核性胸腔积液的机制,初步核验通过 文档格式: .pdf 文档大小: 15.78M 文档页数: ...