接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
这样,cohesin就能将位于同一loop内或邻近loop anchor的增强子和启动子聚在一起。当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为边界停止环挤压并可以形成绝缘的邻域(insulated neighborhood),从而减弱环内的调控序列与外部序列...
3、 Jpx RNA拮抗CTCF对靶标基因的结合 从头基序分析(De novo motif analysis)鉴定出18种Jpx结合基序,其中数个与已知的转录因子结合基序显示出相似性,特别是CTCF的结合位点。此前研究发现Jpx可以将CTCF从Xist启动子上驱逐下去【5】,于是作者使用ChIP...
CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF融...
1.3 CTCF结合序列分析 分析CTCF蛋白ChIP-seq数据,确定HOXD基因簇区域CBS位点分布情况;利用MEME[57]软件分析获得CTCF的结合基序(motif),以此基序作为参考,使用FIMO[57]软件查找HOXD基因簇区域CTCF结合序列,并确定CBS方向。 1.4 细胞培养 HEK293T细胞用89% DMEM、10%胎牛血清和1%青链霉素双抗配制的完全培养基培养,在5%...
CRISPR/Cas9 系统存在一定的脱靶风险。一般认为前间区序列邻近基序(Protospacer adjacent motif, PAM)的类型,sgRNA 与靶序列结合的特异性以及不同的细胞类型都有可能影响到CRISPR/Cas9 系统的脱靶效概率。 为降低脱靶的风险,除提高 sgRNA 的特异性外,还可对Cas9 蛋白进行改造。主要策略有突变 Cas9 的一个具有酶切活...
2.2 CTCF 结合位点基序 motif 及保守性分析 虽然目前有实验手段证明 CTCF 的结合基序 motif 可达 52bp [49],但对于具体的序列组合形式及特点,仍然缺乏大规模组学分 析。这里,我们使用了一种常用的 motif 识别和搜索工具包 MEME suite [123],对 CTCF 结合序列进行系统性分类研究。考虑到实际计 算资源的合理...
ChIP.ITEXpressKjt(ActiveMotif公司);37%甲醛溶液;EDTA溶液: SDS溶液;蛋白酶抑制剂(PIC);1讹.HCl溶液;3mo儿醋酸钠溶液: 苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)溶液;loo%乙醇溶液;70%乙醇溶液;Nomal GoatIgG。 CTCF(c.20x)抗体(SataCruz公司); 其他常用试剂购自军科院条件处。
接下来,作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现,在全基因组水平,特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体(motif)定向,而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现,CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。
结果发现,在两种细胞系中的免疫共沉淀均显示CTCF与病毒DNA的结合多于IgG对照,且在Xp区域显著富集(图2A),这一结果与基于motif(模体)的预测结果一致。从HepG2.2.15细胞纯化HBV染色质,分析其组蛋白修饰,发现抑制性H3K27Me3极少,与既往报...