CTCF的motif方向 Sijian Xia Math CTCF motif orientation analysis. The genome-wide set of motifs was obtained from the ENCODE motif repository27. Sets of contacts were first filtered for contacts in which each contact end overlapped only a single CTCF motif match. The proportion of contacts with ...
这样,cohesin就能将位于同一loop内或邻近loop anchor的增强子和启动子聚在一起。当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为边界停止环挤压并可以形成绝缘的邻域(insulated neighborhood),从而减弱环内的调控序列与外部序列...
分析CTCF蛋白ChIP-seq数据,确定HOXD基因簇区域CBS位点分布情况;利用MEME[57]软件分析获得CTCF的结合基序(motif),以此基序作为参考,使用FIMO[57]软件查找HOXD基因簇区域CTCF结合序列,并确定CBS方向。 1.4 细胞培养 HEK293T细胞用89% DMEM、10%胎牛血清和1%青链霉素双抗配制的完全培养基培养,在5% CO2浓度、37℃恒温培...
然而,与转录、翻译层次的调控相比,翻译后蛋白水平的直接调控具有更加直接、高效、可逆等特点。细胞周期蛋白 B 含有有丝分裂期特异性降解结构域(Mitosis-specific degradation motif,MD),当细胞进入有丝分裂中期后,MD 激活泛素介导的蛋白降解途径,迅速降解周期蛋白 B。将 MD 与特定目的蛋白融合,即可实现特定蛋白的高效降...
5.通过体外R-loop形成实验来证明R-loop确实在CTCF-TAD(CBS)位点处形成,详细步骤为分别构建Cy5标记HOTTIP的R-loop forming regionRNA单链(含G-4motif,这个不是G4s),与Cy3标记的CBS的双链DNA,在体外R-loop binding buffer的支持下形成R-loop,通过凝胶迁移实验观察红光与绿光的位置来判断R-loop是否形成,在此基础...