接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
因此,CTCF蛋白竞争更有可能是决定CTCF环形成的因素,而距离因素仅仅是与之相关。 为了进一步证明CTCF蛋白竞争的存在,研究者预测当一个CTCF motif发生突变后,在该motif两端的CTCF蛋白更有可能发生结合,因为此时竞争效应减弱了。对群体Hi-C的数据分析也证实了这一猜想。同时,研究者还展示了该模型可以预测CTCF motif删除和...
3、 Jpx RNA拮抗CTCF对靶标基因的结合 从头基序分析(De novo motif analysis)鉴定出18种Jpx结合基序,其中数个与已知的转录因子结合基序显示出相似性,特别是CTCF的结合位点。此前研究发现Jpx可以将CTCF从Xist启动子上驱逐下去【5】,于是作者使用ChIP...
对结合区域motif分析发现,CTCF-s结合motif较CTCF缺少2 bp——正是其缺失的ZF3所结合的区域。 CTCF与CTCF-s结合峰的差异(左)和结合motif的变化(右) “兄弟阋墙”,“小弟”屈居下风 CTCF和CTCF-s“兄弟俩”具有相似的DNA结合模式,在体外实验中竞争性结合DNA,细胞内情况会更复杂一些。利用CTCF N末端特异性抗体...
当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为边界停止环挤压并可以形成绝缘的邻域(insulated neighborhood),从而减弱环内的调控序列与外部序列间的互作。此外,CTCF环还可稳定增强子-启动子间的连接,帮助细胞建立谱系特异的...
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
ctcf介导染色相互作用类型motif CTCF 介导不同类型染色质相互作用的研究 第 1 章 前言 1.1 研究背景 CCCTC 序列结合因子,即 CTCF,是一种广泛表达的多功能锌 指蛋白,具有经典的 C2H2 型 DNA 结合结构域,其蛋白序列结构 如图 1.1 所示。CTCF 目前被认为是脊椎动物中唯一的绝缘子蛋 白,从果蝇到哺乳动物,其氨基酸序...
接下来,作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现,在全基因组水平,特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体(motif)定向,而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现,CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。
在未经过IAA处理的对照CTCFAID细胞中,CTCF与该motif结合导致染色质可及性受到抑制,这在ATAC-seq数据中信号的缺失很明显。然而,在急性CTCF耗竭时,ATAC-seq峰值信号和BLCAP mRNA表达明显增加(图4C)。 图4 综合分析假定的绝缘子CTCF结合位点 五、CTCF抑制BLCAP表达的功能验证...
1.3 CTCF结合序列分析 分析CTCF蛋白ChIP-seq数据,确定HOXD基因簇区域CBS位点分布情况;利用MEME[57]软件分析获得CTCF的结合基序(motif),以此基序作为参考,使用FIMO[57]软件查找HOXD基因簇区域CTCF结合序列,并确定CBS方向。 1.4 细胞培养 HEK293T细胞用89% DMEM、10%胎牛血清和1%青链霉素双抗配制的完全培养基培养,在5%...