研究者进一步通过多组学数据的整合分析(包括染色质可及性全基因组鉴定技术、转录组时序分析、高通量染色质构象技术和CTCF基因组结合位点捕获技术),研究发现,红系祖细胞中CTCF快速降解后,数千个特定的染色质可及性区域显著下降,而仅有数...
CTCF的motif方向 Sijian Xia Math CTCF motif orientation analysis. The genome-wide set of motifs was obtained from the ENCODE motif repository27. Sets of contacts were first filtered for contacts in which each contact end overlapped only a single CTCF motif match. The proportion of contacts with ...
因此,CTCF蛋白竞争更有可能是决定CTCF环形成的因素,而距离因素仅仅是与之相关。 为了进一步证明CTCF蛋白竞争的存在,研究者预测当一个CTCF motif发生突变后,在该motif两端的CTCF蛋白更有可能发生结合,因为此时竞争效应减弱了。对群体Hi-C的数据分析也...
接下来，作者研究CBS的变化是否会影响“环挤出模型”以及其绝缘性能。作者通过转基因鼠模型发现，在全基因组水平，特定CBSs形成染色质环并不依赖于模体（motif）定向，而是很可能依赖于环结构变化。作者还发现，CBSs的序列多样性以及其定向与绝缘性能关系不大。再下来，作者研究CTCF结合与EP边界功能之间的关系。作者发现...
优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-seq客户文章 ...
在未经过IAA处理的对照CTCFAID细胞中,CTCF与该motif结合导致染色质可及性受到抑制,这在ATAC-seq数据中信号的缺失很明显。然而,在急性CTCF耗竭时,ATAC-seq峰值信号和BLCAP mRNA表达明显增加(图4C)。 图4 综合分析假定的绝缘子CTCF结合位点 五、CTCF抑制BLCAP表达的功能验证...
对结合区域motif分析发现,CTCF-s结合motif较CTCF缺少2 bp——正是其缺失的ZF3所结合的区域。 CTCF与CTCF-s结合峰的差异(左)和结合motif的变化(右) “兄弟阋墙”,“小弟”屈居下风 CTCF和CTCF-s“兄弟俩”具有相似的DNA结合模式,在体外实验中竞争性结合DNA,细胞内情况会更复杂一些。利用CTCF N末端特异性抗体...
1.3 CTCF结合序列分析 分析CTCF蛋白ChIP-seq数据,确定HOXD基因簇区域CBS位点分布情况;利用MEME[57]软件分析获得CTCF的结合基序(motif),以此基序作为参考,使用FIMO[57]软件查找HOXD基因簇区域CTCF结合序列,并确定CBS方向。 1.4 细胞培养 HEK293T细胞用89% DMEM、10%胎牛血清和1%青链霉素双抗配制的完全培养基培养,在5%...
包含motif 的显著性之间的关系,在不同类型结合位点中是否存在 不同motif 的组合。 . 第3 章 CTCF 介导人类全基因组不同类型...42 3.1 CTCF 介导广泛的染色质内、间相互作用 ...42 3.2 CTCF 介导染色质相互作用络的拓扑学分析 ...45 3.3 多种转录因子参与 CTCF 介导的染色质相互作用 ...50 ...
1.通过CHIRP(RNA版的CHIP)-MS、CHIRP-WB(这个是最先打出来的,把MS出来的蛋白往R-loop与CTCF上富集来做关联),基于HOTTIP KO的CTCF-ChIP、Cohesin-ChIP、AML associated gene motif分析、DRIP-seq以及通过Venn图寻找HOTTIP与CTCF/CTCF-cohesin的co bingding位点比例和两种组蛋白ChIP来将HOTTIP、CTCF/cohesin、R-loop...