在研究这些结构单元形成机理的过程中,人们发现CTCF蛋白扮演了重要的角色。 CTCF常常位于TAD和loop的边界,起到“隔离子”的作用。近年来提出的loop extrusion模型也认为CTCF和cohesin的协调作用是loop形成的普遍机理。然而,虽然有了假设,人们却一直不清楚CTCF是如何作用于染色质,并导致复杂结构的形成。CTCF蛋白的各个结构域...
TAD在不同的哺乳动物的不同细胞中都很保守,并且高度富集 CTCF 和 粘附蛋白。经典的环挤压模型目前被广泛认可的解释染色质是如何折叠的,以CTCF蛋白为核心,在粘附蛋白的帮助下,通过loop extrusion模型挤压形成染色质环,锚定TAD边界,为TAD...
经典染色质结构因子CTCF、cohesin蛋白介导的“环挤压”模型是目前领域内广泛认可的解释Loop及TAD形成的经典模型7-12,而介导区室化形成,尤其是介导基因广泛活跃转录的A间隔间的极长距离互作的形成机制,领域内仍缺乏解释。 在该项研究中,研...
因此,CTCF在基因组中的占位被R-loop所调节。 进一步地,作者们发现CTCF在基因组中的定位与R-loop和G4结构相关,R-loop移除后会导致CTCF占据降低。因此,作者们考虑可能的模型是R-loop与G4结构一起协助CTCF的招募。通过全基因组CTCF、R-loop以及G4结构临近性分析,作者们发现33%的CTCF与R-loop定位,13%则与G4结合...
染色质区室化程度在细胞命运转变过程中常发生动态变化。经典染色质结构因子CTCF、cohesin蛋白介导的“环挤压”模型是目前领域内广泛认可的解释Loop及TAD形成的经典模型7-12,而介导区室化形成,尤其是介导基因广泛活跃转录的A间隔间的极长距离互作的形成机制,领域内仍缺乏解释。
1.通过HILO显微镜观察图像检验体外模型是否work:要做的事情简单说起来有两件,第一检验CTCF蛋白是否能够与CTCF-bingding region结合,其二要检验Cohesin介导的loop是否可以在此模型中被CTCF所Block;下图中可以看见游离的CTCF在结合到DNA上的位点前是呈无规律运动的,当约6min后其位置稳定下来,说明其已经能够介导的DNA的位...
In both cases, formation of new CTCF loops leads to strengthening of enhancer promoter interactions and increased transcription of genes adjacent to loop anchors. These results suggest an important role for CTCF and cohesin in controlling gene expression during cell differentiation. Here the authors ...
近日，奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature 发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion，通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化，发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程，且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界，是TAD形成的...
染色质区室化程度在细胞命运转变过程中常发生动态变化。经典染色质结构因子CTCF、cohesin蛋白介导的“环挤压”模型是目前领域内广泛认可的解释Loop及TAD形成的经典模型7-12,而介导区室化形成,尤其是介导基因广泛活跃转录的A间隔间的极长距离互作的形成机制,领域内仍缺乏解释。
近日,奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion,通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化,发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程,且该过程依赖于DNA张力。 ...