不过前述2010年的研究显示Jpx RNA是可扩散的【4】,能够在常染色和X染色体间迁移,因此很可能也具有非X染色体相关的功能。 2021年12月1日,Jeannie T. Lee课题组再次在Cell上发表题为Jpx RNA regulates CTCF anchor site selection and formation o...
Cohesin在染色质上的装载主要由NIPBL辅助完成。Cohesin的挤压过程可能会破坏A和B区室结构域。这样,cohesin就能将位于同一loop内或邻近loop anchor的增强子和启动子聚在一起。当CTCF的motif以相对(convergent)方式排列时,cohesin以CTCF位点为...
通过整合分析CTCF结合、基因表达和染色质高级结构组学数据,发现CTCF在染色质的结合位点分为细胞类型保守位点和细胞类型特异位点,后者与谱系特异的先锋转因子共定位。这些谱系特异CTCF结合位点也富集在谱系特异的调控元件如超级增强子(super enhancer)和染色质环锚点(chromatin loop anchor),提示它们参与谱系特异功能基因的表达...
通过整合分析CTCF结合、基因表达和染色质高级结构组学数据,发现CTCF在染色质的结合位点分为细胞类型保守位点和细胞类型特异位点,后者与谱系特异的先锋转因子共定位。这些谱系特异CTCF结合位点也富集在谱系特异的调控元件如超级增强子(super enhancer)和染色质环锚点(chromatin loop anchor),提示它们参与谱系特异功能基因的表达...
这些谱系特异CTCF结合位点也富集在谱系特异的调控元件如超级增强子(super enhancer)和染色质环锚点(chromatin loop anchor),提示它们参与谱系特异功能基因的表达调控。 为了研究谱系特异先锋因子参与调控CTCF与染色质结合的机制,研究者利用骨骼肌谱系转录因子MyoD敲除小鼠,发现MyoD敲除导致骨骼肌细胞特异的CTCF结合位点信号减弱...
In addition to the binding probability at each potential loop anchor site, we account for the contribution of CTCF motif orientation on loop stability with a scalar, \(w_{ij}\), and this term takes three different values, 1, 1/w, and 1/w2, for convergent, tandem or divergent CTCF ...
这些谱系特异CTCF结合位点也富集在谱系特异的调控元件如超级增强子(super enhancer)和染色质环锚点(chromatin loop anchor),提示它们参与谱系特异功能基因的表达调控。 为了研究谱系特异先锋因子参与调控CTCF与染色质的结合的机制,研究者利用骨骼肌谱系转录因子MyoD敲除小鼠,发现MyoD敲除导致骨骼肌细胞特异的CTCF结合位点信号...
这些谱系特异CTCF结合位点也富集在谱系特异的调控元件如超级增强子(super enhancer)和染色质环锚点(chromatin loop anchor),提示它们参与谱系特异功能基因的表达调控。 为了研究谱系特异先锋因子参与调控CTCF与染色质结合的机制,研究者利用骨骼肌谱系转录因子MyoD敲除小鼠,发现MyoD敲除导致骨骼肌细胞特异的CTCF结合位点信号减弱...
We identified a paternally hypomethylated DMR near the SNRPN upstream loop anchor exclusive to neurons and a paternally hypermethylated DMR near the PWAR1 CTCF anchor exclusive to undifferentiated cells, consistent with increases in neuronal transcription. Additionally, DMRs near CTCF loop...
The CTCF-mediated blocking of loop extrusion on both sides of a TAD can bring the CBSs at the boundaries in spatial proximity. Indeed, at the summit of many TADs, an enrichment of signal can be observed that reflects the association between the two boundaries (Fig. 3A). Due to this ...