近日，奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature 发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion，通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化，发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程，且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界，是TAD形成的必...
另一个与增强子-启动子的3D互作密切相关的生物学过程是细胞核中持续发生的黏连蛋白(cohesin)介导的环挤压(loop extrusion)。Cohesin在染色质上的装载主要由NIPBL辅助完成。Cohesin的挤压过程可能会破坏A和B区室结构域。这样,cohesin就能将...
近日,奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion,通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化,发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程,且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界,是TAD形成的必要...
1.最终没有筛选出来CTCF阻碍loop的机制以及loop偶尔能够跨过CTCF的机制,作者提出了以下几种猜想:CTCF同时减少了Cohesin的步距与其跨步频率(从而提高CTCF与Cohesin相结合的时间);碰撞后DNA的热波动(?)减少,加速CTCF与Cohesin的结合;高张力下Cohesin必须用更多的力来挤压DNA成loop,从而更难克服其脱离CTCF的结合。 2.所有...
在TAD边界区域，CTCF结合位点（CTCF binding site，简称CBSs）在脊椎动物进化中高度保守。染色质环的形成通常与TAD边界密切相关，且常常形成于CBSs对之间。这一偏好性可以用“环挤出模型（loop extrusion model）”来解释。虽然TAD边界区域在维持染色体空间结构上具有至关重要的作用，它们对基因表达对影响情况仍就不深清楚...
经典的环挤压模型目前被广泛认可的解释染色质是如何折叠的,以CTCF蛋白为核心,在粘附蛋白的帮助下,通过loop extrusion模型挤压形成染色质环,锚定TAD边界,为TAD的形成提供了结构基础。但其仅可解释染色质环及拓扑相关结构域这些相对短距离的...
从区块(compartment),拓扑结构域(TAD),到单个的环(loop),这些大小不同的单元各有特征,也对染色质功能和基因表达起到多种多样的调控。在研究这些结构单元形成机理的过程中,人们发现CTCF蛋白扮演了重要的角色。 CTCF常常位于TAD和loop的边界,起到“隔离子”的作用。近年来提出的loop extrusion模型也认为CTCF和cohesin...
V(D)J重排的有序发生对于抗体多样性的产生至关重要。美国波士顿儿童医院/哈佛医学院Frederick W. Alt院士团队近年多次报道了染色质环挤压（chromatin loop extrusion）调控祖B细胞免疫球蛋白重链（Igh）位点V(D)J重排的重要机制。黏连蛋白（cohesin）锚定在重链位点的重组中心（recombination center），通过染色质环挤压...
10 Davidson, I. F.et al.DNA loop extrusion by human cohesin.Science366, 1338-1345, doi:10.1126/science.aaz3418 (2019). 11 Tang, Z. H.et al.CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription.Cell163, 1611-1627, doi:10.1016/j.cell.2015.11.024 (2015)...
相关研究结果于2023年4月19日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion”。论文通讯作者为代尔夫特理工大学的Cees Dekker博士和维也纳生物中心的Jan-Michael Peters博士。 黏连蛋白(cohesin)让DNA成环...