近日,奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion,通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化,发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程,且该过程依赖...
近日，奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature 发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion，通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化，发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程，且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界，是TAD形成的...
TAD在不同的哺乳动物的不同细胞中都很保守,并且高度富集 CTCF 和 粘附蛋白。经典的环挤压模型目前被广泛认可的解释染色质是如何折叠的,以CTCF蛋白为核心,在粘附蛋白的帮助下,通过loop extrusion模型挤压形成染色质环,锚定TAD边界,为TAD...
近日,奥地利维也纳生物中心Jan-Michael Peters研究组在Nature发表了文章CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion,通过将单个CTCF与DNA上粘连蛋白相互作用可视化,发现CTCF可以阻断Cohesin的传播从而的阻断DNA环挤出过程,且该过程依赖于DNA张力。 CTCF位于TAD的边界,是TAD形成的必要...
标题:CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion 作者:Jan-Michael Peters 期刊:Nature 时间:2023.4 文献来源:https://doi.org/10.1038/s41586-023-05961-5 科学问题:Coh…
CTCF常常位于TAD和loop的边界,起到“隔离子”的作用。近年来提出的loop extrusion模型也认为CTCF和cohesin的协调作用是loop形成的普遍机理。然而,虽然有了假设,人们却一直不清楚CTCF是如何作用于染色质,并导致复杂结构的形成。CTCF蛋白的各个结构域,除了同DNA结合的11-ZF外,它们的功能是什么,也没有得到解答。
在TAD边界区域，CTCF结合位点（CTCF binding site，简称CBSs）在脊椎动物进化中高度保守。染色质环的形成通常与TAD边界密切相关，且常常形成于CBSs对之间。这一偏好性可以用“环挤出模型（loop extrusion model）”来解释。虽然TAD边界区域在维持染色体空间结构上具有至关重要的作用，它们对基因表达对影响情况仍就不深清楚...
在TAD边界区域,CTCF结合位点(CTCF binding site,简称CBSs)在脊椎动物进化中高度保守。染色质环的形成通常与TAD边界密切相关,且常常形成于CBSs对之间。这一偏好性可以用“环挤出模型(loop extrusion model)”来解释。 虽然TAD边界区域在维持染色体空间结构上具有至关重要的作用,它们对基因表达对影响情况仍就不深清楚。
Fig. 1: Mathematical formulation of a loop competition and extrusion model. a We use CTCF ChIA-PET to train our model: the contact profile of the Myc locus in GM12878 is shown. b Loop extrusion model: Cohesin is loaded between (typically convergent) CTCF pairs, and the loop forms progress...
相关研究结果于2023年4月19日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“CTCF is a DNA-tension-dependent barrier to cohesin-mediated loop extrusion”。论文通讯作者为代尔夫特理工大学的Cees Dekker博士和维也纳生物中心的Jan-Michael Peters博士。 黏连蛋白(cohesin)让DNA成环...