备注：Emap2sec实现了一种基于CNN的算法，具有在整个3D图谱中执行局部结构检测的优势。EMBuild不仅在SPA电镜图谱（4-8 Å）上进行了评估，还在通过亚断层平均获得的图谱（4-9 Å）上进行了评估，并在将可靠的原子结构构建到中等分辨率3D图谱中显示出优异的性能。5. 冷冻电镜技术与人工智能的融合发展 冷冻电镜技...
但是由于结合抗体的多克隆性质和cryoEMPEM map的分辨率约为3到4埃,仅凭结构信息难以直接确定抗体序列。==作者假设如果能够获取适当的序列数据库==,在这个序列数据库中包含与采集血清(即pAb)的时间点相匹配的B细胞受体库(BCR),那么就可以利用cryoEMPEM中的含有的pAb的结构信息,从BCR库中选择出重链和轻链的候选者。
所有相关代码也在Github:https://github.com/kiharalab/CryoREAD开源。相关CryoREAD的算法细节介绍在https://kiharalab.org/emsuites/cryoread.php。在线服务https://em.kiharalab.org同时提供了其他服务，诸如针对蛋白质建模的DeepMainMast, DiffModeler, 针对结构评估的DAQScore, 针对结构检测的Emap2sec, Emap2sec...
DEFMap: Dynamics Extraction From cryo-em Map This package provides an implementation of a dynamics prediction from a cryo-EM density map. Google Colaboratory version of DEFMap is now released. If you want to try it, please visit ColabDEFMap. Dependency Environment Ubuntu: 16.04 or 18.04 (confi...
The application of single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to structure determination continues to have a transformative impact on our understanding on biological systems. While there has been a great deal of algorithmic development focused on improving attainable resolutions and streamlining...
https://www.youtube.com/watch?v=Asp2Sg-AN-gWe show how to start building an atomic model into a cryoEM map using an atomic structure from the AlphaFold database. We fit the atomic model into the map a, 视频播放量 62、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 1、收
我们注意到该数据集包含的蛋白质数量非常少,但事实上DEFMap的输入是cryo-EM density map中的局部结构(尺寸为10Åx10Åx10Å,见图1),因此一个蛋白cryo-EM数据可以拆分成多个训练样本,再加上作者使用了随机旋转进行数据增强,整体数据量能够满足3D卷积神经网络的训练。
2.1 GAN architecture of SuperEM Data:low-resolution(LR) expermental EM map & correspendinghigh-resolution(HR) EM map Input: a pair of cubes of a volume size of253A3each Output: generator output SR cube of the same size, and all cubes are combined to generate a complete super-resolution ...
Post-process input map path/to/inputVol.mrc and save it at path/to/outputVol.mrc using high resolution deep learning model located in path/to/deep/learningModel deepemhancer -p highRes --deepLearningModelDir path/to/deep/learningModel -i path/to/inputVol.mrc -o path/to/outputVol.mrc ...
【人物】冷冻电镜(cryo-EM)顶级泰斗理查德·亨德森Richard Henderson 人物背景 理查德·亨德森(Richard Henderson),剑桥MRC分子生物学实验室教授,苏格兰人,生于1945年。1983年,年仅38岁的Henderson当选英国皇家学会院士。2016年,英国皇家学会决定将当年...