Fig. 1 我最爱gRNA啦~ 开展CRISPR 实验之前的重要考虑因素 锤子、竖锯和扳手都是很棒的工具,但没有“最好的”工具,你使用哪一种取决于你想做什么,在设计用于CRISPR 实验的 gRNA 时也是如此——“最佳”gRNA 在很大程度上取决于你要做什么:基因敲除、特定的碱基编辑或基因表达的调节。 Fig. 2 位置和序列是设...
1. CRISPR-gRNA文库筛选技术结合表观遗传分析筛选神经元存活和轴突再生的负调控TF 作者利用RIKEN和TFCat数据库汇总了1893个小鼠基因组中的TF，并针对每个TF基因不同区域，从CRISPR-Cas9敲除（GeCKO）文库中选择了五条sgRNAs，然后pool在一起克隆至AAV2载体，建立了一个包含1893个AAV2-sgRNA的文库（维真生物助力提供）...
1. CRISPR-gRNA文库筛选技术结合表观遗传分析筛选神经元存活和轴突再生的负调控TF 作者利用RIKEN和TFCat数据库汇总了1893个小鼠基因组中的TF,并针对每个TF基因不同区域,从CRISPR-Cas9敲除(GeCKO)文库中选择了五条sgRNAs,然后pool在一起克隆至AAV2载体,建立了一个包含1893个AAV2-sgRNA的文库(维真生物助力提供)。随后...
CRISPR Cas9系统只需设计一个包含20个碱基对的RNA寡核苷酸,即可靶向任何基因组位点。gRNA是CRISPR Cas9系统的重要组成部分,在设计gRNA序列时需要考虑诸多因素。 1.crRNA、tracrRNA and gRNA 在细菌和古细菌中,CRISPR RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)形成一个复合体,作为引导Cas9核酸酶降解外来遗传物质的引导装...
基于CRISPR-gRNA文库筛选技术,研究人员对1893个转录因子(TF)进行全基因组筛选,寻找ONC后RGC存活和轴突再生的抑制因子,同时通过ATAC-seq和RNA-seq等分析损伤RGC的表观遗传和转录情况,确定了损伤响应性TF及其靶标。研究结果揭示了从轴突损伤转化为神经退行性疾病的核心转录程序,并提出了治疗神经退行性疾病的新策略。
一、通过CRISPR文库筛选获得肝细胞癌治疗新靶点 肝细胞癌（HCC）是最常见的原发性肝癌类型，具有表型和...
基于CRISPR-gRNA文库筛选技术,研究人员对1893个转录因子(TF)进行全基因组筛选,寻找ONC后RGC存活和轴突再生的抑制因子,同时通过ATAC-seq和RNA-seq等分析损伤RGC的表观遗传和转录情况,确定了损伤响应性TF及其靶标。研究结果揭示了从轴突损伤转...
位置和序列是设计gRNA的重要考虑因素。对于indels来说,目的位点在基因中的什么位置并不重要,重要的是gRNA序列需要被设计为具有较高的活性并减少脱靶。对于CRISPRa和CRISPRi来说,这些考虑同样重要(目标应该在TSS附近,但可以不必过于担心序列的最优性,因为通常仅有较少的序列可供选择)。最后,对于HDR来说,位置更为重要...
9. 最后在设计好的gRNA序列的5'端点引入酶切位点,合成单链的正反向序列,酶切链接到建好表达载体上, 载体有相同酶切位点。 相关阅读 逆转录PCR/RT-PCR的原理、实验步骤和参数设置 Magigen CRISPR Cas12蛋白家族 Magigen T7核酸内切酶I / T7 Endonuclease I ...
gRNA 的组成 虽然统称为 gRNA,但在自然界中,细菌的 gRNA 是由 crRNA(CRISPR RNA)与 tracrRNA(trans-activating crRNA)组合而成的。 crRNA 上的间隔区(spacer)负责与名为原间隔序列临近基序(protospacer adjacent motif, PAM,通常为 N...