GUIDES | Graphical User Interface for DNA Editing Screens (sanjanalab.org) #8 CRISPR Design Tool (horizondiscovery.com) #9 Custom Alt-R® CRISPR-Cas9 guide RNA | IDT (idtdna.com) #10 Off-Spotter | CRISPR guide RNA (gRNA) Design Tool | Computational Medicine Center at Jefferson Universit...
二、Feng Zhang lab:http://crispr.mit.edu/ 这是最早的一个设计站点。包括常见的16个物种。选中物种,把你要设计的区段序列扔到下面的框里运行就行。但前提是你自己已经选好了位置(如上图所示)。 三、其他在线设计gRNA的工具 1. omictools...
1. CRISPR-RT: http://bioinfolab./CRISPR-RT/ 2. https://cas13design./ 二、脱靶位点预测网站: Cas-OFFinder用的最广,且Cas种类较全。事实上大多数gRNA设计网站都自带脱靶位点预测,大家看着用吧。 1. Cas-OFFinder: http://www./cas-offinder/ 2. CRISPOR: http://crispor./ 三、BE设计网站: 1. ...
在使用 CRISPR-ERA 设计 gRNA 时,您需要指定要进行基因编辑的生物种类(organism)。CRISPR-ERA 支持多种模型生物,包括细菌、酵母、线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠、大鼠和人类。 Step3: 选择具体的基因组 可以选择基因组的名称、TSS的位置、基因组的序列。 gRNA设计结果 输入完成后,点击 CRISPR-ERA search 按钮,可能会得到...
LOF突变的成功产生需要gRNA定位一个对蛋白质功能至关重要的外显子。目标外互补性 理想的gRNA序列是唯一...
gRNA Design Tool Finds Guidescan2 vetted gRNAs for genomic regions and genes Organism: Flanking: Filter above cutting efficiency: Filter exonic cutting gRNAs Enzyme: Top N gRNAs: Filter above specificity: Input genomic coordinates as chromosome:start-end, organism appropriate gene symbol, or...
一般来说,会先打开张峰课题组的网站https://zlab.bio/guide-design-resources,并在下方的“TOOLS FOR GUIDE DESIGN”随意选择一个gRNA设计工具(一般选用CRISPOR)。然而真的是随便选一个就可以吗?之前没有思考和研究这些工具差异的原因是,由于研究的是人类基因,对于on-target以及off-target的预测方法已经趋于成熟,因此...
设计网站:http://crispr./ sgRNA 设计一些要点: sgRNA 的长度为20 nt ,不包括PAM 序列(NGG); 对于sgRNA 序列的碱基组成,可选3'末端含GG 的sgRNA,同时sgRNA 种子序列尽量避免以4 个以上的T结尾, GC%含量最佳为35%~65%; 基因敲除:对于sgRNA 靶向基因的结合位置,为提高敲除效率,建议选择双gRNA敲除基因中的一...
TP53是重要的抑癌基因。在多种肿瘤中都能发现TP53基因突变及功能丧失。我们将针对TP53基因设计的靶点构建到pCas9/gRNA1载体,转染293T细胞,构建了TP53基因敲除293T细胞系。 1、本实验基因敲除原理:pCas9/gRNA1载体表达gRNA和Cas9蛋白。将靶点序列克隆到pCas9/gRNA1载体上,gRNA将诱导Cas9蛋白对靶点DNA进行切割,造成DNA...
CRISPR-Cas9系统是目前最流行的基因组编辑技术,可以实现目的基因的敲除、插入和突变,该技术是一种由RNA指导Cas蛋白对靶基因定性修饰技术。CRISPR Cas9系统只需设计一个包含20个碱基对的RNA寡核苷酸,即可靶向任何基因组位点。gRNA是CRISPR Cas9系统的重要组成部分,在设计gRNA序列时需要考虑诸多因素。