1、http://crispr.mit.edu/2、http://www.broadinstitute.org/mpg/crispr_design/3、http://spot.colorado.edu/~slin/cas9.html4、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/5、http://flycrispr.molbio.wisc.edu/6、http://www.flyrnai.
GUIDES | Graphical User Interface for DNA Editing Screens (sanjanalab.org) #8 CRISPR Design Tool (horizondiscovery.com) #9 Custom Alt-R® CRISPR-Cas9 guide RNA | IDT (idtdna.com) #10 Off-Spotter | CRISPR guide RNA (gRNA) Design Tool | Computational Medicine Center at Jefferson Universit...
在下层sgRNA结果信息表中点击具体条目会打开新窗口,展示sgRNA的具体脱靶位置、附近的酶切位点、验证用的PCR引物对等信息,如上图。 设计建议 对于基因敲除,CHOPCHOP官方给出了以下建议: 使用传统Cas9(20bp-NGG); 确保选定的gRNA没有脱靶位点; 确保gRNA靶向目标基因的所有转录本; 选择位于所有ATG位点下游的gRNA,以避免...
二、Feng Zhang lab:http://crispr.mit.edu/ 这是最早的一个设计站点。包括常见的16个物种。选中物种,把你要设计的区段序列扔到下面的框里运行就行。但前提是你自己已经选好了位置(如上图所示)。 三、其他在线设计gRNA的工具 1. omictools...
一、首先着重介绍几个在线设计gRNA的工具 着重推荐Lei Stanley Qi Lab的http://crispr-era.stanford.edu/index.jsp 这个在线站点功能非常丰富,可以选择基因编辑工具的其他用途(激活,抑制基因表达等)(图1-1)。下一步就是选择物种(图1-2)。但只有常见的9种。再下一步就是直接输入基因的名称(或序列)即可(图1-...
基于CRISPR的基因编辑的流行导致产生了大量用于设计CRISPR-Cas9指南的工具。这也受到以下事实的驱动:在使用CRISPR进行基因编辑时,设计高度特异性和有效的指南是一项至关重要的任务,而不是琐碎的任务(but not trivial)。在这里,我们彻底分析了18种设计工具的性能。根据运行时性能,计算要求和生成的指南对它们进行评估。为...
gRNA是什么?1CRISPR/Cas9系统的工作原理是 crRNA( CRISPR-derived RNA )通过碱基配对与tracrRNA(trans-activating RNA)结合形成 tracrRNA/crRNA复合物,此复合物引导核酸酶Cas9蛋白在与crRNA 配对的序列靶位点剪切双链DNA。而通过人工设计crRNA和tracrRNA这两种RNA,可以改造形成具有引导作用的sgRNA(single guide RNA),从而...
一．今天着重介绍几个在线设计gRNA的工具：着重推荐Lei Stanley Qi Lab的http://crispr-era.stanford.edu/index.jsp 这个在线站点功能比第一个丰富，可以选择基因编辑工具的其他用途（激活，抑制基因表达等）（图1-1）。下一步就是选择物种（图1-2）。但只有常见的9种。再下一步就是直接输入基因的名称（或序列...
1. 设计sgRNA 确定靶基因的序列后,可通过在线网站设计(http://tools.genome-engineering.org ),或根据靶基因的CDS序列自行设计,最方便的是在human KO Library sgRNA里选择。无论选择哪种方式,都建议进行一下blast。 附上在线设计网页截图。输入基因的name,填写email address,设计结果稍后会发送到此邮箱,选择序列的...
在线设计gRNA-CRISPR.pdf,CRISPR protocol-3 CRISPR 中gRNA 的设计 一.今天着重介绍几个在线设计gRNA 的工具: 着重推荐Lei Stanley Qi Lab 的/index.jsp 这个在线站点功能比第一个丰富,可以选择基因编辑工具的其他用途(激活,抑制 基因表达等)(图1-1)。下一步就