使用传统Cas9(20bp-NGG); 确保选定的gRNA没有脱靶位点; 确保gRNA靶向目标基因的所有转录本; 选择位于所有ATG位点下游的gRNA,以避免截短蛋白的表达。 进阶参数(可选) 点击常规参数下方的Options按钮展开配置面板。 【General】全局参数 Target specific region of gene:默认靶向编码区(CDS
http://flycrispr.molbio.wisc.edu/6、http://www.flyrnai.org/crispr/,Drosophila 7、http://cas9...
二、Feng Zhang lab:http://crispr.mit.edu/ 这是最早的一个设计站点。包括常见的16个物种。选中物种,把你要设计的区段序列扔到下面的框里运行就行。但前提是你自己已经选好了位置(如上图所示)。 三、其他在线设计gRNA的工具 1. omictools...
三、其他Cas9,比如Cpf1和saCas9的设计 因为以上介绍的站点没用涉及Cpf1和saCas9,特别是saCas9(非常适合AAV介导的载体基因编辑):http://crispr.cos.uni-heidelberg.de/index.html这个网站兼容几乎所有类型的Cas9设计。 打开页面,输入要编辑区域的基因组序列,然后在PAM类型里选择你需要的Cas9类型,比如spCas9,saCas9以...
1. 设计sgRNA 关于sgRNA的设计我们有专门开过一篇文章《一文掌握gRNA的设计,常用方法汇总解析》[点击此处阅读] 确定靶基因的序列,可通过在线网站设计(http://tools.genome-engineering.org),或根据靶基因的CDS序列自行设计,最方便的是在human KO Lib...
gRNA是什么?1CRISPR/Cas9系统的工作原理是 crRNA( CRISPR-derived RNA )通过碱基配对与tracrRNA(trans-activating RNA)结合形成 tracrRNA/crRNA复合物,此复合物引导核酸酶Cas9蛋白在与crRNA 配对的序列靶位点剪切双链DNA。而通过人工设计crRNA和tracrRNA这两种RNA,可以改造形成具有引导作用的sgRNA(single guide RNA),从而...
大家想具体了解这两个工具，可以查看“谈谈CRISPR/dCas9系统的“百变”应用（一）”2.2 设计gRNA数据集 对基因编辑的候选位点进行生物信息学分析（如QTL和GWAS）对CRISPR screen非常有帮助。将候选的编辑位点缩小到一定范围在很大程度上可以减轻整体实验的负担。选择合适的编辑器（如上所述）后，下一步是设计gRNA文库...
5. 登录张锋实验室的gRNA设计网站。最新网站地址:http://crispor.gi.ucsc.edu/ 出现如下界面 6. 按照提示的步骤进行下一步操作。 7. 根据之前从NCBI下载的P53基因组序列信息,复制需要进行RNA编辑的目标区域序列,并粘贴到Step1中,在step2中选择物种信息,在step3中选择实验室常用到cas9蛋白和PAM序列NGG要的选项,然...
基于CRISPR的基因编辑的流行导致产生了大量用于设计CRISPR-Cas9指南的工具。这也受到以下事实的驱动:在使用CRISPR进行基因编辑时,设计高度特异性和有效的指南是一项至关重要的任务,而不是琐碎的任务(but not trivial)。在这里,我们彻底分析了18种设计工具的性能。根据运行时性能,计算要求和生成的指南对它们进行评估。为...
CRISPR/Cas 是进行基因编辑的强大工具,可以对基因进行定点的精确编辑。在向导 RNA(guide RNA, gRNA)和 Cas9 蛋白的参与下,待编辑的细胞基因组DNA将被看作病毒或外源 DNA,被精确剪切。 一、寻找目的基因的靶标 使用在线设计网站 CRISPR direct,如需直接复制网址,可在生物学霸后台对话框回复 direct即可。