# trim,star 两个软件即可 conda create-n starFusion conda activate starFusion conda install-c bioconda trim-galore conda install-c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 STAR--version2.7.10aSTAR-Fusion--versionSTAR-Fusion version:1.6.0...
最耗时的步骤已经是过去了,理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件就可以完成融合基因的搜索啦。 但是STAR-Fusion流程就报错 我看了看这个运行日志,以及对应的报错信息: Running CMD: /home/data/fusion/miniconda3/envs/starFusion/lib/STAR-Fusion/util...
conda install -c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: STAR --version 2.7.10a STAR-Fusion --version STAR-Fusion version: 1.6.0 perl --version This is perl 5, version 26, subversion 2 (v5.26.2) builtforx86_64-linux-thread-multi 然后运行star-fusion流程需要需要下载配套数据库: ...
比如下面的软件会报错: BEGINfailed--compilation aborted at /home/jianmingzeng/biosoft/starFusion/STAR-Fusion/STAR-Fusion line 12.Can'tlocateSet/IntervalTree.pmin@INC(you may need to install theSet::IntervalTreemodule) (@INCcontains: /home/jianmingzeng/biosoft/starFusion/STAR-Fusion/PerlLib/home/...
后来忽然想到,conda 是一个天然会帮助我们解决依赖的工具。 通过conda安装 我创建一个conda 环境,用这个环境来安装R 和我需要的R 包不就好了吗? 比如直接搜到了这个R 包的conda 安装方法:Bioconductor Rhdf5 :: Anaconda.org[3] 代码语言:javascript
Star4 Code Issues Pull requests Actions Security Insights Additional navigation options This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository. Browse files joelostblom authoredNov 23, 2024·· ...
Summary: Label fusion strategies for multi-class labels.Current build statusAll platforms: Current release infoNameDownloadsVersionPlatformsInstalling labelfusionInstalling labelfusion from the conda-forge channel can be achieved by adding conda-forge to your channels with:...
# 创建环境 conda create -n bioinfo # To activate this environment, use: source activate bioinfo conda create --name py27 python=2.7 # # To deactivate an active environment, use: source deactivate # ## ### conda install -ypysamucsc-blatbedtoolsstarstar-fusiontophatcircexplorer2 bwa bowtie...
Conda是一个运行在Windows、macOS和Linux上的开… Anaconda安装镜像列表 2019/8/14 Anaconda 是一个用于python/R科学计算和机… 融合基因分析-STAR-Fusion 2022/10/5 添加评论 我们知道有一些重要的基因的断裂与重组可能对疾病的发生和发展起着重要… NCBI Datasets使用说明 2022/8/31 添加评论 NCBI是我们经常下载...
Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。