命令行:conda install r-xml;安装XML成功后,安装data.table。首先conda search -c bioconda data.table,选择和R3.6.3版本匹配的data.table。根据search结果,发现合适的data.table版本为1.12.2,因此输入:conda install -c r r-data.table=1.12.2安装1.12.2版本的data.table。 依赖包安装成功后,进入R,安装BiocMan...
在GitHub的包,都是使用 install_github 函数,不过少部分小伙伴可能会失败,因为他们访问GitHub会失败。 另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。 首先是在cran的 代码如下所示: CRANdep <- c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr","...
Once the conda-forge channel has been enabled, r-matrixmodels can be installed with conda: conda install r-matrixmodels or with mamba: mamba install r-matrixmodels It is possible to list all of the versions of r-matrixmodels available on your platform with conda: conda search r-matrixmod...
BiocManager::install("xia-lab/MetaboAnalystR") 这时会询问是否更新软件包,这里直接回车略过不更新。 然后,会提示安装147个软件包,后面还会警告包"locfit"找不到,如下: Installing 147 packages: lattice, Matrix, MASS, survival, Biobase, BiocGenerics, rlang, Rcpp, codetools, ProtGenerics, iterators, fore...
devtools::install_github("bicciatolab/popsicleR") 在GitHub的包,都是使用 install_github 函数,不过少部分小伙伴可能会失败,因为他们访问GitHub会失败。 另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。
Once the conda-forge channel has been enabled, r-primme can be installed with conda: conda install r-primme or with mamba: mamba install r-primme It is possible to list all of the versions of r-primme available on your platform with conda: conda search r-primme --channel conda-forge...
make install GMP6安装成功后,再次安装mpfr,配置时需要指定gmp6路径: ./configure --prefix="/path/software/mpfr4"--with-gmp=/path/software/gmp6 make make install 再重新安装Rmpfr包,但还是报同样的错。于是将两个库加入环境中: export LD_LIBRARY_PATH=/path/software/gmp6/lib:/path/software/mpfr4/...
[install] trusted-host=mirrors.aliyun.com bash/zsh自动加载 以前都是安装miniconda/anaconda时选择"yes",自动追加配置到~/.bashrc,然后手动复制到~/.zshrc(我默认用的zsh替代了bash作为解释器)。其实可以更简单: conda init zsh 进入bash/zsh不自动activate base env ...
sudo dnf install mpfr-devel #Centos系列 再重新安装下R包就行了。但是非root安装依赖库很麻烦,只能源码编译安装。 wget https://www.mpfr.org/mpfr-current/mpfr-4.0.2.tar.bz2 tar-jxvf mpfr-4.0.2.tar.bz2 mkdir mpfr4&&cd mpfr-4.0.2./configure--prefix="/path/software/mpfr4" ...
清华镜像站只提到了main和free,其实r和pro也有哦。 如此一来,channels中的defaults源就被完全替换成了镜像站点。 看看效果 此时再进行安装时,会看到: $ onda install-c bioconda bioconductor-biocinstaller Fetching package metadata...Solving package specifications:.Package planforinstallationinenvironment/Users...