chmod u+x ./fastqc #设置可执行权限 R语言的安装package指令 来自CRAN:BiocManager,devtools,tidyverse,gridExtra,pheatmap,ggpubr,ggplot2,ggsci options(repos=" ") #换镜像channels install.packages("tidyverse") 来自bioconductor:DESeq2,edgeR,GEOquery,ClusterProfiler,limma,org.Hs.eg.db,PCAtools,EnhancedVolcano...
安装R包时指定R的版本也会极大减小搜索空间 (R包因其数目众多,也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一)conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c...
if(!"scMCA"%in%installed.packages()[,"Package"]){devtools::install_github("ggjlab/scMCA")} 如果你觉得上面的代码很麻烦 而且你是在Linux环境下面,黑白命令行运行你的代码,其实有一个很简单的解决方案,就是使用conda,一句话安装它。官网文档给了一个 https://github.com/bicciatolab/popsicleR/blob/main/...
conda install -c conda-forge r-stringi r-curl r-cairo libnetcdf # r-stringi 是因为网络原因可能在 R 环境下无法安装成功 stringi,r-curl 是 R 中安装 curl 包缺少 libcurl,r-cario 是 R 中安装 Cario 包缺少头部文件,libnetcdf 安装 R 包 ncdf4 需要的依赖 3、安装专门的生物信息软件管理器及依赖...
- bioconductor-limma - bioconductor-complexheatmap - bioconductor-rtracklayer 要装的R包可以在conda上搜索:https://anaconda.org/search?q=DESeq2 conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 如果想要安装Github上的R包,需要自己手动在conda创建这个安装包 (要有一个conda的账号) ...
conda install --name [环境名称] beautifulsoup4 指定版本 conda install package=version 指定源 conda install --channel https://conda.anaconda.org/menpo opencv3 删除包 conda remove --name [环境名称] iopro 三、配置 恢复默认源 conda config --remove-key channels ...
conda install -y r-base=4.2 ## 或者使用mamba安装:mamba install -y r-base=4.1.2 # 安装R语言软件包(安装命令可从Linux软件安装.md文件中查找)安装时间较久 conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler ...
install.packages(source_repo, repos=NULL, type="source") } } 接下来是bioconductor的 专门存放生物信息学相关的包,代码如下所示: BioCdep <- c("SingleR","limma","BiocFileCache","AnnotationHub", "ExperimentHub","celldex","scDblFinder")
free > memory-before-conda-install bash ../Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh -b -p install-1 install-1/bin/conda update conda -y install-1/bin/conda create -q -n test-gcc cgat-devel bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 r-wgcna r r-dtw r-rcolorbrewer r-flashclust bioconductor-mas...
pip install pip -U pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 1. 2. R包安装镜像 CRAN和Bioconductor的镜像 安装前现运行这几句话,或把这几句话放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路径是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。