conda install blastplus 注意:由于BLAST版本和相关的conda包会随时间变化,请根据你搜索到的具体包名进行调整。 验证BLAST是否成功安装: 安装完成后,你可以通过在命令行中输入BLAST程序的名称(如blastn,blastp等)并加上--version参数来验证其是否成功安装并可在你的系统路径中找到。例如: bash blastn --version ...
makeblastdb: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 如是,我去库里看还是版本的问题。复制粘贴下 cp libcrypto.so.1.1 libcrypto.so.1.0.0 再次运行,问题解决。 makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out BlastDB/VE...
BLAST包括blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 输入conda install blast安装blast。 输入blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -h查看是否完成安装及使用方法。 安装mafft 多序列比对在生物信息分析中是常用到的操作,目前多序列比对的软件较多,没有一款十分完美的多序列比对工具。有文献报道: 在比对速度上...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
运行conda install fastp 测试 安装查看其他软件 -conda search bwa conda install blast=2.10.1=编译版本(指定版本) -conda update bwa -list、remove等 blast是一个软件包 运行: blastp、blastq等 环境管理(运行一个有多个环境的软件,隔离指定版本)
可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast Q1: 搜索哪些软件可以用conda下载 方法1:网站查询 https://bioconda.github.io/ 方法2:conda search XXX 注:有时候在服务器搜索会很慢 方法3:关键词搜索 Q2: 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
我们安装的是blast,调用的是blastp 三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools 查看conda环境中已安装的软件 基本用法:conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件conda list fast* ...
conda install --use-local $file done conda install --use-local gdk-pixbuf-2.36.12-h4ab6910_1.tar.bz2 exit 0 #安装不了的软件: blast-2.6.0-boost1.64_2.tar.bz2 boost-1.64.0-py36_4.tar.bz2 boost-cpp-1.64.0-1.tar.bz2 dbus-1.13.2-h714fa37_1.tar.bz2 ...
可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast 搜索哪些软件可以用conda下载 网站查询 https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/ conda search XXX 有时候在服务器搜索会很慢 关键词搜索 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
conda install fastp 一直yes回车即可,查看安装位置 which fastp 安装blast conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本 conda install blast #安装最新的balst conda install blast=版本号 #安装指定版本 which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast ...