2.第一步需要一个python2的环境,因为biom-format只支持2。 conda create -n biom_py2 python=2.7 3.进入创建的biom_py2环境中 activate biom_py2 3.如果需要numpy,安装一下 conda install numpy 4.安装biom-format 直接conda install报错,改为下述格式 conda install conda-forge::biom-format (p.s.这是官...
pip install biom-format==2.1.4# 4 最后安装qiimepip install qiime# 5 检测安装是否成功print_qiime_config.py -t实例2:构建 qiime2 容器下面还展示了一种直接利用 dockerfile 构建 qiime2 容器的方式:FROM ubuntu:20.04ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractiveRUN apt-get update && \ apt-get install -y \ ...
install.packages("zip") install.packages("biomformat") install.packages("venn") install.packages("ape") install.packages("ggtree") install.packages("httr") install.packages("stringr") install.packages("rvest") install.packages("xml2") install.packages("bioseq") install.packages("xlsx") inst...
Conda和容器技术(如Docker)都是现代软件开发和数据科学中常用的工具,用于解决环境依赖和应用部署的问题。尽管它们有着相似的目标,即确保应用可以在不同的...
(python2) lg@DESKTOP-JL4J3A2:~$ format_input -h usage: format_input [-h] [--output_table OUTPUT_TABLE] [-f {c,r}] [-c [1..n_feats]] [-s [1..n_feats]] [-o float] [-u [1..n_feats]] [-m {f,s}] [-n int] [-biom_c BIOM_CLASS] [-biom_s BIOM_SUBCLASS] INP...