1.打开anaconda prompt,直接打开,我没有用管理员身份打开。 2.第一步需要一个python2的环境,因为biom-format只支持2。 conda create -n biom_py2 python=2.7 3.进入创建的biom_py2环境中 activate biom_py2 3.如果需要numpy,安装一下 conda install numpy 4.安装biom-format 直接conda install报错,改为下述...
HDF5是一种用于存储和管理大量数据的二进制格式,程序语言兼容广泛,支持高效读取和节约空间。 二、biom-format工具安装与使用 (1) biom-format工具安装 ① 基于pip或conda安装最新的Python包biom-format,二者选其一 # 基于pip安装 pip install numpy pip install biom-format # 基于conda安装 conda install biom-format...
安装BIOM工具时，需确保已安装最新版本的biom-format Python包以及h5py库以处理BIOM 2.0+的文件，此外，可使用conda命令轻松安装所需Python包。BIOM格式支持与其他数据格式之间的转换，如从制表符分隔的表格（tsv）到HDF5或JSON格式的biom表，反之亦然，以便于数据在不同分析工具和环境中使用。实操演示中...
File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/picrust2/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3280, in _initialize_master_working_set working_set = WorkingSet._build_master() File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/picrust2/lib/python3.6/site-packages/p...
BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式 BIOM：⽣物观测矩阵——微⽣物组数据通⽤数据格式 简介 BIOM格式是微⽣物组领域最常⽤的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种 信息等多个表保存于同⼀个⽂件中，且格式统⼀，体积更⼩巧，⽬前被微⽣物组领域⼏乎所有主流...
biocore/biom-format master BranchesTags Code Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit History 2,268 Commits .github/workflows biom ci doc examples images licenses .coveragerc .gitattributes .gitignore COPYING.txt...
(fp, None, None, lambda x: x) File "/prod/apps/conda/3/envs/qiime2-2019.7/lib/python3.6/site-packages/biom/table.py", line 4649, in from_tsv return Table(data, obs_ids, sample_ids, obs_metadata, sample_metadata) File "/prod/apps/conda/3/envs/qiime2-2019.7/lib/python3.6/site-...
常用的biom操作工具是一个python包,可通过pip、conda等安装 # 安装依赖关系科学计算包pip install numpy# 安装biom包pip install biom-format# 安装biom2.0格式支持pip install h5py# 显示命令行biom 更推荐,conda安装 python和r相应的操作包 相应bioconda包在 https://bioconda./recipes.html 查询名称和版本详细 ...
(1) biom-format工具安装 ① 基于pip或conda安装最新的Python包biom-format，二者选其一 # 基于pip安装...
pip install biom-format ② 为了处理BIOM 2.0+的文件,安装h5py; pip install h5py ③ 查看所有biom命令的列表。 biom 提示:也可以使用conda执行命令conda install biom-format安装Python包。 四、文件格式转换 biom-format中的convert命令可用于biom表和制表符分隔的表格之间相互转换。制表符分隔的表通常称为经典格式...