CLIP-seq(crosslinking-immunoprecipitation and High throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序技术,通过免疫共沉淀RBP-RNA复合物,获取纯化及消化(蛋白酶K、DNaseI、RNase T1)后的RNA,进行cDNA文库构建与测序分析。 2.技术流程: 伯信生物CLIP-seq实验步骤流程 3.结果实例 CLIP-seq实验研究案例—伯信生物...
M6A-CLIP-seq的基本原理如下: 1.4SU染色:在细胞中加入4SU,使其在RNA合成过程中取代尿苷,并与正在合成的RNA共价结合。 2.光交联:使用紫外线照射细胞,使4SU与相邻的蛋白质交联,并形成共价键。 3.酶切:将细胞裂解,使用核酸酶切割RNA,使蛋白质与RNA分离。 4.免疫沉淀:使用特定的抗体来富集与RNA结合的蛋白质,如...
技术原理:ATAC-seq利用转座酶Tn5(一种来自大肠杆菌的转座酶),识别并结合到开放的染色质区域,并在这些区域切割DNA,同时在切割的DNA两端加上测序接头,并进行高通量测序,从而识别出基因组中的开放染色质区域。 技术特点1. 高效性:ATAC-seq技术能够在短时间内完成实验,相较于其他技术(如ChIP-seq、DNase-seq等)具有...
CLIP-seq是一种分子生物学方法，通过结合UV交联和免疫共沉淀，分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。之前的CLIP方法存在依赖性强、产生低复杂度文库和高失败率的问题。为了解决这些问题，发展出了eCLIP方法。eCLIP保持单核苷酸分辨率的同时，减少了不必要的PCR重复（约60%），并利用大小匹配的input controls提高...
项目简介 CLIP-seq, 又称为HITS-CLIP,即紫外交联沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白
HITS-CLIP(HIgh-Throughput Sequencing with CrossLinking-ImmunPrecipitation)又称为CLIP-seq,即紫外交联免疫沉淀结合 高通量测序, 是一项蛋白与RNA相互作用的实验技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生交联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT...
DAP-seq实验原理,DNA亲和纯化测序实验原理 钟小王· 2022-8-4 1223003:03 CHIP-seq VS CUT&RUN,实验原理介绍与区分,让你一次性搞懂染色质免疫沉淀与Cut &RUN 实验加油站· 2022-12-5 7668507:33 【短片/实验】天地创造说(1967)Clip nicowwt· 2021-8-16 3172008:21 ChIP & ChIP-Seq实验原理与成功要素及...
CLIP-seq(crosslinking-immunoprecipitation and High throughput sequencing)是通过免疫共沉淀RBP-RNA复合物,获取纯化及消化(蛋白酶K、DNaseI、RNase T1)后的RNA,进行cDNA文库构建与测序分析。 产品优势: 1.伯信独立研发。 2.紫外照射有效促进细胞内RNA与相应的RNA结合蛋白交联,增强RNA与蛋白的结合能力。
测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究。 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1、read2一...