随后,我们使用细胞模型对PCIF1和CTBP2进行了功能验证,结果表明,CTBP2可能作为PCIF1的关键辅助因子,在HNSCC中发挥关键的分子功能作用。 为了进一步研究PCIF1和CTBP2之间的潜在相互作用,我们使用交联和免疫共沉淀,然后进行高通量测序(CLIP-Seq)来评估这些蛋白结合的mRNA的相似性。通过分析CLIP-Seq数据集,我们观察到PCIF1...
CLIP-seq,又称为HITS-CLIP,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收...
2010年,iCLIP建立了新的生成cDNA的方式,能够对截断的cDNA进行扩增,从而通过分析截断的cDNA的起始位点对RNA-蛋白的相互作用位点进行检测。iCLIP之后被进一步改良,如eCLIP、irCLIP。在此之外还有PAR-CLIP 方法 HITS-CLIP/CLIP-SEQ。依赖于UV交联诱导的突变区域来定位蛋白RNA结合位点,通过CIMS(交联诱导的突变位点)分析交联...
CLIP-Seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。 委托科研服务 近年来,该技术广泛应用于miRNA靶标鉴定等研究方向。在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC)...
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...
CLIP-seq,也称为HITS-CLIP,是一种在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是利用紫外照射使RNA分子与RNA结合蛋白发生耦联,然后使用特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收其中的RNA片段。经过添加接头、RT-PCR等步骤进行高通量测序,再通过生物信息学的分析和处理,揭示RNA结合蛋白与RNA...
CLIP-Seq(crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughputsequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序,通过高通量研究RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一 些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。也 被应用到miRNA靶标鉴定、lncRNA生物学功...
CLIP-seq是一种分子生物学方法，通过结合UV交联和免疫共沉淀，分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。之前的CLIP方法存在依赖性强、产生低复杂度文库和高失败率的问题。为了解决这些问题，发展出了eCLIP方法。eCLIP保持单核苷酸分辨率的同时，减少了不必要的PCR重复（约60%），并利用大小匹配的input controls提高...