CLIP-qPCR(crosslinking-immunoprecipitation and qPCR)即紫外交联免疫沉淀结合qPCR定量技术,通过免疫共沉淀RBP-RNA复合物,获取消化(蛋白酶K、DNaseI、RNase T1)后的RNA,并通过对RNA 3’-端加接头和设计不同位点的引物,进行RNA结合蛋白位点的富集效率检测。 CLIP-seq(crosslinking-immunoprecipitation and High throughput...
CLIP-seq,又称为HITS-CLIP,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收...
RIP-seq与CLIP-seq的区别:技术原理:CLIP-seq需要紫外交联步骤,而RIP-seq则不需要,这是两者在技术上的主要区别。应用范围:虽然两者都用于研究RNA与蛋白质的相互作用,但CLIP-seq更侧重于鉴定靶蛋白和RNA之间的特异性结合位点,而RIP-seq则更广泛地用于分析全转录组范围内RNA与蛋白的互作情况。优势与局限:CLIP-seq的...
CLIP-Seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。 委托科研服务 近年来,该技术广泛应用于miRNA靶标鉴定等研究方向。在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC)...
CLIP-seq(Cross-Linking Immunoprecipitation followed by Sequencing)是一种结合实验和测序的方法,用于研究特定蛋白质在体内的RNA结合情况。CLIP-seq数据分析通常包括数据获取、预处理、比对、峰值识别等多个步骤。以下是CLIP-seq数据分析的详细过程: 1. 了解CLIP-seq数据分析的基本概念 CLIP-seq技术通过紫外线照射使RNA...
CLIP-seq,即交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunoprecipitation and high-throughput sequencing),是基于交联的免疫沉淀分析RBP与靶分子的准确结合位置的实验技术。其技术原理是通过紫外照射或甲醛固定使RNA与RNA结合蛋白发生偶联,然后使用RNA结合蛋白的特异性抗体,通过免疫沉淀的方式富集RNA-蛋白质复合物,经高通量...
为了帮助大家更好地掌握CLIP-seq实验的基础知识和操作要点,我们特别邀请了高年级的硕博生来分享他们的经验,并设有答疑环节。 本次分享的内容包括: RNA结合蛋白的种类 🌱 CLIP-seq的分类和应用场景 🔬 CLIP-seq的实验步骤及注意事项 📝 如何定制自己的CLIP-seq实验 🎯 在分享结束后,还会有答疑环节,实验中...
CLIP-seq,也称为HITS-CLIP,是一种在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是利用紫外照射使RNA分子与RNA结合蛋白发生耦联,然后使用特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收其中的RNA片段。经过添加接头、RT-PCR等步骤进行高通量测序,再通过生物信息学的分析和处理,揭示RNA结合蛋白与RNA...
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...