尽管在许多CLIP-SEQ出版物中,峰值calling通常是最后一步,但一个重要的后续任务是根据CLIP-SEQ数据确定结合模型。 这一点至关重要,因为CLIP-SEQ实验高度依赖于实验所在细胞的转录状态。 因此,单纯依赖不同细胞或条件的CLIP-SEQ确定的结合位点会导致较高的假阴性率。 然而,这一缺点可以通过应用预测更多假定结合位点的模...
CLIP-seq数据分析软件是由上海嘉因生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1372910,属于分类,想要查询更多关于CLIP-seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
本研究整合了多家实验室已公开发表的分析软件和脚本,对人前列腺癌DU145细胞系中的PUMILIO1(PUM1)蛋白CLIP-seq数据进行分析,总结出对于蛋白功能分析更有效的命令和参数,并建立了完整的生物信息学分析流程.运用该流程寻找PUM1蛋白在人前列腺癌发展中的潜在机制,本团队识别出PUM1在DU145细胞系中的1189个靶标,并发现PU...
计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...
Computational analysis of CLIP-seq data. |核心内容:CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。计算分析可分为三个步骤。在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上...