1. 同时测mRNA+蛋白信息,数据更丰富,对细胞的注释更准确,有助于发现新的细胞类型。 2. 由于barcode的存在,CITE-seq检出的mRNA+蛋白是可以对应的,可就是说是可以同时得到每个细胞的mRNA+蛋白表达量。 3. 与流式细胞相比,CITE-seq又可以不受抗体之间信号干扰的影响,大大增加了表面蛋白标记的数量(一次可以检出多达...
特别是,通过测序(CITE-seq)协议对转录组和表位进行细胞索引的可用性不断提高,极大地促进了这些进展。CITE-seq 允许同时分析 RNA 基因表达以及一组细胞表面蛋白。 众所周知,蛋白质比 RNA 丰富得多,并且在功能上直接参与细胞信号传导和细胞间相互作用。CITE-seq 具有发现单模态单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 遗漏的...
mRNA+蛋白:实现同一个细胞多组学联合检测,同时提供了mRNA和细胞表面蛋白的信息,信息量比传统的RNA单细胞测序更丰富 针对CITE-seq,10×Genomics提供的成熟的ADTs耦连标签体系以及详细的流程;采用Feature Barcode技术,可以有效进行免疫细胞的转录组和表面蛋白的研究,同时其对应的兼容产品(寡核苷酸偶联抗体、寡核苷酸偶联MHC)...
技术介绍:CITE-seq CITE-seq是一种可以同时捕获转录本和部分膜表面蛋白的单细胞测序方法,在传统的10×单细胞RNA测序基础上,增加了针对细胞表面蛋白的检测。基于RNA和ADT的方式进行细胞分类,在统计结果中高度相关,表明ADT信号的丢失率很低,可以用于鉴定细胞类别。而且在细胞量较大,容易形成doublets的情况下,利用CITE-se...
CITE-seq是一种能够同时测定数千个细胞的无偏差转录图谱和基于抗体检测的蛋白标记物的技术。研究发现，这种方法可以同时适用于两种不同的高通量单细胞测序，并通过实例显示出，该方法比单独的单细胞测序数据能够得到更加详细的细胞表型特征。 CITE-seq这个方法在2017年的时候发表在nature methods上。作者还...
CITE-seq技术是一种创新的单细胞测序方法，它在10×单细胞RNA测序的基础上，增加了细胞表面蛋白的检测，实现了对单细胞转录本和部分膜蛋白的同步分析。这种方法利用RNA和ADT信号对细胞进行分类，结果显示ADT信号丢失率低，能够准确鉴定细胞类别，即使在细胞混杂较多（doublets）的情况下，CITE-seq也能有效...
单细胞多组学分析在生物学研究中的普及,提高了科学家对细胞异质性和亚群的理解。特别是,通过测序(CITE-seq)协议对转录组和表位进行细胞索引的可用性不断提高,极大地促进了这些进展。CITE-seq 允许同时分析 RNA 基因表达以及一组细胞表面蛋白。 众所周知,蛋白质比 RNA 丰富得多,并且在功能上直接参与细胞信号传导和...
CITE-seq 是一种单细胞多组学技术,可同时测量单细胞中 RNA 和蛋白质的表达,已广泛应用于生物医学研究,特别是免疫相关疾病和其他疾病,如流感和 COVID-19。尽管 CITE-seq 激增,但生成此类数据的成本仍然很高。尽管数据集成可以增加信息内容,但这带来了计算挑战。
2.CITE-seq:同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序 - 简书 (jianshu.com) 3.【单细胞组学】细胞表面蛋白辅助细胞分群 4.Seurat - Guided Clustering Tutorial https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 5.Weighted Nearest Neighbor Analysis ...
CITE-seq技术，即同时测定单细胞转录本与表面蛋白表达，于2017年由纽约大学Rahul Satija教授团队首次提出。这一技术实现了单细胞维度下蛋白质信息与转录组信息的整合，有助于获得更准确的细胞异质性信息，深入分析细胞间差异，成为探索疾病治疗的有利工具。结合单细胞测序数据，CITE-seq方法可以获取更加详细的...