1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...
bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性), 而单细胞测序技术可以很好的弥补bulk RNA-seq这一不足,即获取混合样本中细胞的异质性信息。 文章单细胞RNA测序(scRNA-seq)Seurat分析流程入门中涉及Seurat对象的构建、访问和数据提取等操作,本文将对Seu...
单细胞测序技术针对单个细胞进行基因序列分析,而RNA测序则主要关注转录组分析。该技术可用于研究细胞的基因表达、变异和调控机制等。 ,理想股票技术论坛
【佳学基因检测】RNAseq科研服务单细胞测序基因检测中的基因和外显子定量分析 佳学基因单轨分析中使用Megadepth分析STAR输出的拼接对齐BAM文件。Megadepth生成一个代表每个基因组基础覆盖深度的bigWig文件。Megadepth还总结了提供的BED文件中定义的基因组间隔内的测序覆盖率。佳学基因通过从一个或多个基因注释中获取所有不...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: ...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建 参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考...
急性髓系白血病(AML)的微环境在不同亚型中展现出细胞和分子层面的显著差异。本研究中,我们采用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)对儿童AML患者的骨髓样本进行分析,这些样本分别来自诊断(Dx)、诱导治疗结束(EOI)和复发阶段。通过对Dx和EOI阶段的scRNA-seq数据以及TARGET AML项目的RNA-seq数据集进行深入分析,我们识别出7个...
在细胞数量要求方面,单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够对少量细胞进行转录分析。到目前为止,已经在小鼠身上进行了特定ILC亚群或特定组织的scRNA-seq。类似地,在人类中,scRNA-seq用于一个亚群(NK细胞)或一个组织(回肠和扁桃体)的转录组分析,导致对ILC组织特异性印记的了解受限。
CITE-seq是一种能够同时测定数千个细胞的无偏差转录图谱和基于抗体检测的蛋白标记物的技术。研究发现，这种方法可以同时适用于两种不同的高通量单细胞测序，并通过实例显示出，该方法比单独的单细胞测序数据能够得到更加详细的细胞表型特征。 CITE-seq这个方法在2017年的时候发表在nature methods上。作者还...
结果与结论:①单细胞RNA测序是在单细胞水平上,对基因组、转录组和表观基因组进行高通量测序分析的技术,与传统的测序方法相比,其可进一步应用于研究细胞之间的差异,解释细胞亚型和特定表达的基因,探索疾病发生、发展和耐药机制,为免疫治疗提供新的靶点。②目前单细胞RNA测序有很多分支,如STRT-seq,Smart-seq,CEL-seq...