Cistrome-GO还可以做ChIP数据集靶基因的功能富集分析。话不多说,我们来开始操作吧。 网站:cistrome.org/db/# 01 搜索感兴趣的转录因子 打开界面。我们可以在红框里输入感兴趣的转录因子,以CBFB为例。Species代表物种,Biological Sources 代表生物来源,Factors代表转录因子/组蛋白修饰类型。 这里选择人的造血细胞CBFB...
Cistrome DB是来自人类和小鼠的ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq数据的资源,提供了转录因子、辅因子、染色质重塑因子、组蛋白翻译后修饰和可用于核酸内切酶活性的染色质区域的全基因组位置图。Cistrome DB包含大约45000个人类和44000个小鼠样本;我们可以通...
Cistrome DB是目前最全面的研究ChIP-seq和DNase-seq的数据库,用于人和小鼠转录和表观遗传基因调控数据的收录。收录了转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本,并且还在不断的维护和纳入新数据。 可以说,学会使…
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
在遗传学领域，顺反组(cistrome)是一个由"Dana-Farber癌症研究所"和哈佛医学院的研究者们共同提出的概念。它着重描述了一个反式调控因子在其作用范围内的行为——即一组与之相互作用的顺式作用元素。这些顺式元素位于基因组(genome)之内，它们共同构成了一个特定的调控区域。顺反组的定义是基于对基因...
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 ...
网络顺反组 网络释义 1. 顺反组 顺反组(cistrome)是由"Dana-Farber癌症研究所"与哈佛医学院的科学家提出的遗传学术语,用于定义一个反式(trans)调控因 … zh.wikipedia.org|基于11个网页
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。
顺反组(cistrome)是由Dana-Farber癌症研究所与哈佛医学院的科学家提出的遗传学术语，用于定义一个反式（trans）调控因子在基因组（genome）范围内的作用对象——一组顺式(cis)作用元素。一些技术，例如免疫共沉淀与基因芯片结合的技术(ChIP-on-chip)，已经被广泛的应用于发现转录因子以及其他染色质相关...