总之,Cistrome DB可以找我们感兴趣的转录因子以及组蛋白修饰位点的靶向基因信息,还可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome-GO还可以做ChIP数据集靶基因的功能富集分析。大家是不是心动了,...
总之,Cistrome DB可以找我们感兴趣的转录因子以及组蛋白修饰位点的靶向基因信息,还可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome...
Cistrome DB是目前最全面的研究ChIP-seq和DNase-seq的数据库,用于人和小鼠转录和表观遗传基因调控数据的收录。收录了转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本,并且还在不断的维护和纳入新数据。 可以说,学会使…
http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 在检索结果中勾选感兴趣的数据集,可以查看详细...
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
【Cistrome DB介绍】 在Cistrome DB的主页面上,作者们设计了多个控件以满足不同的数据搜索场景。第一种,用户可通过关键词搜索(如下图所示),Cistrome DB允许用户在关键词输入框输入细胞系名称、细胞类型名称、组织名称、转录调控因子或GEO样本编号进行数据搜索。第二种,用户可通过点击单选框内条目进行数据搜索,Cistrome...
http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 ...
In this tutorial, we describe how to use the Cistrome DB to search for publicly available chromatin profiles, to assess sample quality, to access peak results, to visualize signal intensities, to explore DNA sequence motifs, and to identify putative target genes. We also describe the use of ...
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。