http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 在检索结果中勾选感兴趣的数据集,可以查看详细...
总之,Cistrome DB可以找我们感兴趣的转录因子以及组蛋白修饰位点的靶向基因信息,还可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome...
所以,你有转录因子ChIP-seq数据,预测转录因子部分能够完全可以交给Cistrome-GO做。 总的来说,通过Cistrome DB ,可以直接关键词搜索,也可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,转录因子的colocation分析。Cistrome-GO还...
Cistrome DB是来自人类和小鼠的ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq数据的资源,提供了转录因子、辅因子、染色质重塑因子、组蛋白翻译后修饰和可用于核酸内切酶活性的染色质区域的全基因组位置图。Cistrome DB包含大约45000个人类和44000个小鼠样本;我们可以通过关键字、菜单和数据驱动的搜索工具找到信息丰富的染色质图谱。 浏览...
总的来说,通过Cistrome DB ,可以直接关键词搜索,也可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,转录因子的colocation分析。Cistrome-GO还可以做转录因子ChIP-seq peak或者TF干扰表达的差异表达的功能富集分析,功能强大,下次...
Cistrome DB是目前最全面的研究ChIP-seq和DNase-seq的数据库,用于人和小鼠转录和表观遗传基因调控数据的收录。截止目前为止,总共收录了30451人和26013小鼠的转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本,并且还在不断的维护和纳入新数据。 可以说,学会使用cistrome,是每个表观遗传学者必备的技能,下面就来学习具体的使用方法...
http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 ...
http://cistrome.org/db/ 该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下 从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。 通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下 ...
当我们想从CistromeDB数据库里面下载数据时应该怎么操作呢?首先肯定是根据关键字搜索数据库,然后在查询结果中选择一条数据记录,如下图所示: 如果只是想在看一下这个数据的信号情况可以单击右边的WashU Brower或者UCSC Brower按钮,会直接弹出新的页面显示信号情况。如果想要下载数据到本地,下载peak文件的话...
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。