第一,Toolkit从基因层面回答用户“What factors regulate your gene of interest?”,在这个功能中,用户可输入任意的蛋白质编码基因,Cistrome DB Toolkit可返回按照调控潜能排序好的转录因子列表,并且用户可选择仅关注启动子调控,或是选择包含增强子的调控。第二,Toolkit从单个基因组区段的层面回答“What factors bind on...
总之,Cistrome DB可以找我们感兴趣的转录因子以及组蛋白修饰位点的靶向基因信息,还可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome...
1. CistromeDB Toolkit用于检索哪个因子调控了用户感兴趣的基因,哪个因子结合在用户的基因组区域或者和用户的peak有显著重叠。 ①输入关注的基因BRCA1,查找因子的结果 横坐标表示调控潜势(RP),纵坐标表示不同的因子 纵坐标表示调控潜势(RP),横坐标表示不同的因子 ②输入基因组区间:chr7:27,066,839-27,266,927...
可以看到,在这个功能中,我们可输入任意的蛋白质编码基因,Cistrome DB Toolkit会返回按照调控潜能排序好的转录因子列表,哪个因子结合在用户的基因组区域或者和用户的peak有显著重叠。 03 Cistrome-GO Cistrome-GO是用于对转录因子ChIP-seq峰进行功能富集分析的网络服务。它有两种工作模式。如果用户同时提供了TF的ChIP-seq...
ToolKit菜单则提供了更加丰富的分析工具,具体如下 输入基因名称, 查看有哪些转录因子可能调控该基因 输入基因组区域,查看有哪些转录因子可能结合在该区域 输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析
Visit site » Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap wi...
Visit site » Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap wi...
The Cistrome Data Browser(DB)at the website(cistrome.org/db)provides about 56,000 published human and mouse ChlP-seq,DNase-seq,and ATAC-seq chromatin profiles,which we have processed using uniform analysis and quality control pipelines.The Cistrome DB Toolkit at the website(dbtoolkit.cistrome....
ToolKit菜单则提供了更加丰富的分析工具,具体如下 输入基因名称, 查看有哪些转录因子可能调控该基因 输入基因组区域,查看有哪些转录因子可能结合在该区域 输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析 ...
The cistromedb toolkit (http://dbtoolkit.cistrome.org/) was used to compare ChIP-seq peaks for overlap with peaks from a large database of uniformly analyzed published ChIP-seq data (quantified as a “GIGGLE score”)49. Published TFs and histone marks were ranked by similarity to the ...