一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
二、干货系列:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差...
在我司官网http://plant.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式，提交项目所需要的具体信息，包括：1、组织、细胞等样品来源、状态、ChIP检测专用抗体（也可以选择由我司提供）及其他相关信息；2、尽可能丰富的相关资料、文献。实验信息 实验过程中客户可以...
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通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。
ChIP-seq是染色质免疫沉淀测序的缩写。从根本上说,ChIP-seq 是对与正在研究的 DNA 结合蛋白共沉淀的基因组 DNA 片段进行测序。以这种方式最常研究的 DNA 结合蛋白是转录因子(例如,p53 或 NFκB)、染色质修饰酶(例如,p300、组蛋白去乙酰化酶)、与基因组 DNA 相互作用的修饰组蛋白(例如,组蛋白 3 三甲基化赖氨...
ChIP-seq简介 优势 实验流程 结果展示 客户案例 SCI成果染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。 结合高通量的新一代测序技术,通过对...
ChIP-Seq的优势:1.具有碱基层面的分辨率;2.不会有ChIP-chip中由DNA片段杂交导致的噪音,GC含量、片段长度、片段浓度以及耳机结构都会对杂交造成影响;3.ChIP-chip中的微阵列信号不是线性增长的,其所测量的范围有限。4.由于在设计array时,探针的数量、种类有限,当coverage比较高的时候无法准确...
Motif（基序）分析：在ChIP-seq数据分析中，motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析，我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解，那么什么是motif呢？蛋白质发挥功能的基本单元是domain，是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在与DNA序列结合时，其...
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。