一文讲明白ChIP-seq:高分文章里为什么做ChIP-seq? 科研忍者老熊 CHIP-SEQ 分析 任务:通过chip-seq结果,寻找转录因子结合位点,并将这些位点关联到基因上。chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因… Beccaliii 经验分享:想知道你的ChIP为啥总做不好...
ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,用于研究蛋白质-DNA 相互作用和基因组中的染色质修饰。它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA ...
将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE）以及多TF结合的组合效应。这些数据集还为构建ABA TF网络和预测对ABA反应和相关环境胁迫重要的基因和顺式调节元...
结合Chip-seq和RNA-seq,可以研究转录因子与其调控的靶基因之间的关系,以及基因上调或下调的机制。 2️⃣ ATAC-seq 🚪 ATAC-seq用于测量开放染色质区域。通过与Chip-seq结合使用,可以更准确地确定转录因子的结合位点,并了解染色质的开放状态与转录因子结合之间的关系。 3️⃣ ChIA-PET 🧬🔗 ChIA-PET(染...
ChIP-seq技术 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片...
ChIP-seq是染色质免疫沉淀测序的缩写。从根本上说,ChIP-seq 是对与正在研究的 DNA 结合蛋白共沉淀的基因组 DNA 片段进行测序。以这种方式最常研究的 DNA 结合蛋白是转录因子(例如,p53 或 NFκB)、染色质修饰酶(例如,p300、组蛋白去乙酰化酶)、与基因组 DNA 相互作用的修饰组蛋白(例如,组蛋白 3 三甲基化赖氨...
ChIP-Seq的优势:1.具有碱基层面的分辨率;2.不会有ChIP-chip中由DNA片段杂交导致的噪音,GC含量、片段长度、片段浓度以及耳机结构都会对杂交造成影响;3.ChIP-chip中的微阵列信号不是线性增长的,其所测量的范围有限。4.由于在设计array时,探针的数量、种类有限,当coverage比较高的时候无法准确...
通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。
ChIP-seq,测序方法 ChIP指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP), seq指的是二代测序方法 作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白(组蛋白,转录因子等)与染色质交联固定起来 ...
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。