# 设置CRAN镜像为清华大学options(repos=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# 设置 BioC_mirror 镜像为西湖大学options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")# 安装R包BiocManager::install(c("airway","DESeq2","edgeR","limma","ChIPpeakAnno","ChIPseeker")...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
然而,分析 ChIP-seq 数据通常涉及重复且计算密集的任务,尤其是处理来自公共存储库(如 GEO)或内部实验的大量数据集时。pyflow-ChIPseq 是一个基于snakemake搭建的自动化flow,可以通过自动化和标准化 ChIP-seq 文件的处理来简化工作流程。 pyflow-ChIPseq 通过 Snakemake 框架提供灵活性,并支持不同的计算环境,如 LSF(...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...
接下来，我们进入数据分析环节。这一步骤的目的是从测序数据中提取出生物学见解。首先，我们需要将序列读数映射到参考基因组上，以确定每个DNA片段的基因组来源。▲ 序列读数映射与峰检测 例如，假设我们的实验目标是量化蛋白质A的结合位点。由于ChIP-seq实验中，与蛋白质A结合的DNA区域会产生集中的读数，因此，这些...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
Chip-seq分析流程 流程的一些关键点分析: 我们的Peak是如何找出来的?Callpeak的流程(MACS2) 1. 质控 (quality control) 首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式...
5.可视化展示可以帮助更好地理解分析结果,但也要注意选择合适的可视化工具和展示方式。 6.通路富集分析只是一种初步的分析方法,还需要进一步的实验验证和生物学研究来深入了解蛋白质与DNA的相互作用机制。 以上是一个基本的ChIP-seq通路富集分析流程,具体的步骤和方法可能会因研究问题和数据特点而有所不同。在实际应用...
在分析CHIP-seq数据时,需要遵循一定的步骤和流程,内容主要包括数据准备、质粒提取、测序、碱基质量核查、序列对齐、拼接、建立peaks、转录因子结合位点的鉴定等,下文将详细介绍每一步的操作流程。 首先,CHIP-seq分析的数据准备工作是实验的第一步,准备的内容主要是两类:一类是含有DNA信号的样品和无DNA信号的对照样品,...