用抗HA抗体和protein A琼脂糖珠免疫沉淀SARD1-HA和CBP60g-HA染色质复合物。使用免疫球蛋白G(IgG)平行进行阴性对照反应。采用WRKY70启动子特异性引物对免疫沉淀的DNA样品进行实时定量PCR检测。ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。 小远叨叨 通...
用抗HA抗体和protein A琼脂糖珠免疫沉淀SARD1-HA和CBP60g-HA染色质复合物。使用免疫球蛋白G(IgG)平行进行阴性对照反应。采用WRKY70启动子特异性引物对免疫沉淀的DNA样品进行实时定量PCR检测。ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。 小远叨叨 通...
用抗HA抗体和protein A琼脂糖珠免疫沉淀SARD1-HA和CBP60g-HA染色质复合物。使用免疫球蛋白G(IgG)平行进行阴性对照反应。采用WRKY70启动子特异性引物对免疫沉淀的DNA样品进行实时定量PCR检测。ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。 小远叨叨 通...
Nestor表示,“输入”是DIP试验的标准对照,一般指的是pre-IP的染色质样品。作为一名博士后研究员,他记得曾有人建议他避免使用IgG做对照,因为它们会给实验增加太多噪音。但研究人员表示,输入是一种高度不一致的对照组,并且DIP-seq极大地高估了哺乳动物基因组中的5-modC修饰。虽然Nestor和其他人使用计算工具来过滤DIP-s...
通过IFA分析不同浓度的阴性IgG(小鼠IgG)对蛋白质乳酸化(绿色)没有影响。 抗TgPFKII抗体以浓度依赖性方式抑制蛋白质乳酸化(绿色)。 分别对用抗PFKII抗体和阴性对照抗体处理的组进行免疫荧光强度统计分析。采用Student t检验进行统计学显著性分析。所有数据均显示为平均值±标准差(N>10)。***,与对照组相比P<0.001...
做ChIP实验时经常要设置非特异抗体IgG为阴性对照,那么ChIP-seq需要用IgG富集的产物进行背景噪音的去除吗?No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。 IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背...
一般ChIP-Seq都需要提供一个对照组,也就是图中IgG。很明显的发现其他实验组有峰的区域在对照组中是没有的。而实验组没有峰的区域,对照组也没有,这样子就能提出背景噪声。 peak calling peak calling要用到MACS, 建议用ananconda安装, 因为可以选择合适的Python环境。
关于阴性对照:由于非特异性结合,IgG原则上不能结合任何蛋白;若IgG作为阴性对照,其带下来的DNA-蛋白质复合物即为背景噪音。后续不会做测序,一般qubit检测不到DNA浓度即被判为阴性结果良好。 问题五:ChIP-seq送样时样本重复如何考虑?...
E. 维恩图显示了从三次重复中获得的乳酸化蛋白质重叠部分。 F. 维恩图显示了从三次重复中获得的乳酸化位点重叠部分。Kla,赖氨酸乳酸化;LC-MS/MS,液相色谱-串联质谱法;IFA,免疫荧光分析;T.gondii,弓形虫;SDS-PAGE,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳;IgG,免疫球蛋白G;DAPI,4’,6-二脒基-2-苯基吲哚。
No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质...