在“ChIP-seq reveals broad roles of SARD1 and CBP60g in regulating plant immunity”一文中,作者通过染色质免疫沉淀测序发现,转录因子SARD1和CBP60g与大量编码植物免疫关键调控因子的基因启动子区结合。具体结果如下: 在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的sard1 cpb60g突变株中,病原体诱导的ICS1表达恢复到与c...
通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写的是ChIP-PCR)的方法哦! 5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子(TFs)的结合位点和基因表达。对植物、...
用抗PFKII抗体免疫沉淀源自弓形虫RH和ME49的可溶性蛋白,并用抗PFKII抗体检测沉淀的PFKII蛋白(箭头指示)。 通过IFA分析不同浓度的阴性IgG(小鼠IgG)对蛋白质乳酸化(绿色)没有影响。 抗TgPFKII抗体以浓度依赖性方式抑制蛋白质乳酸化(绿色)。 分别对用抗PFKII抗体和阴性对照抗体处理的组进行免疫荧光强度统计分析。采用...
对于ChIP-seq,在他看来,首选的阴性对照是输入染色质。作为ChIP-qPCR和ChIP-seq的阳性对照,实验室可以考虑已知结合目标蛋白的基因组区域或使用抗组蛋白H3的抗体作为“通用”阳性对照,因为如果染色质完整,IP试验成功,那么使用这种通用阳性对照,任何基因组基因位点都会富集。Fry指出,总有很多人在没有任何阴性或阳性对照的...
它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收,将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA,同时结合qPCR(ChIP-qPCR)可用于检测已知蛋白与特定结合位点的DNA是否结合以及结合的强度,结合二代测序(ChIP-seq)可用于分析...
(D)DAPI和H3K36ac信号的叠加。图中的白线表示使用ImageJ软件进行分析通过细胞核的截面。(E)DAPI(蓝色)和H3K36ac(红色)荧光强度的定量线谱。(F)X-ChIP检测采用IgG、抗H3和抗H3K36ac的抗体,而引物是针对活性的ACTIN7基因和沉默的Ta2转座因子。 接着,作者进行了天然状态下的ChIP-seq实验,以确定H3K36ac在单...
(D)DAPI和H3K36ac信号的叠加。图中的白线表示使用ImageJ软件进行分析通过细胞核的截面。(E)DAPI(蓝色)和H3K36ac(红色)荧光强度的定量线谱。(F)X-ChIP检测采用IgG、抗H3和抗H3K36ac的抗体,而引物是针对活性的ACTIN7基因和沉默的Ta2转座因子。 接着,作者进行了天然状态下的ChIP-seq实验,以确定H3K36ac在单...
做ChIP实验时经常要设置非特异抗体IgG为阴性对照,那么ChIP-seq需要用IgG富集的产物进行背景噪音的去除吗?No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。 IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背...
提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必要拿去测序。注意:IgG管,Anti-target管统称为IP管,都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程(IgG管使用normal IgG结合,Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合,后续均使用Protein A/G磁珠捕获,并洗脱目的DNA)。Input管不需要进行免疫沉淀流程,直接进入...
这部分下载ChIP-Seq数据,以及小鼠的参考基因组,注释。 下载测序数据,并用sratoolkit解压缩 文章提供的GEO是GSE42466,可以在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/检索到对应的数据集 GEO # 我习惯将数据保存到项目文件夹下的data中 mkdir -p GSE42466/data/chip-seq ...