ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。 小远叨叨 通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写...
ChIP结果以折叠变化表示,将ChIP的信号与IgG对照分离,设为1。(c)WRKY70在上述基因型中的表达与ACTIN1归一化。 小远叨叨 通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写...
它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收,将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA,同时结合qPCR(ChIP-qPCR)可用于检测已知蛋白与特定结合位点的DNA是否结合以及结合的强度,结合二代测序(ChIP-seq)可用于分析...
Proteomics & Bioinformatics》杂志发表研究论文,文章通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)等实验首次对弓形虫乳酸进行了全面分析,并对Kla的调控潜力进行了深入剖析,为阐明弓形虫生物学特性和寻找新的杀虫
对于ChIP-qPCR,Fry和他的团队建议使用正常IgG作为阴性对照来检测非特异性富集。对于ChIP-seq,在他看来,首选的阴性对照是输入染色质。作为ChIP-qPCR和ChIP-seq的阳性对照,实验室可以考虑已知结合目标蛋白的基因组区域或使用抗组蛋白H3的抗体作为“通用”阳性对照,因为如果染色质完整,IP试验成功,那么使用这种通用阳性对照...
(D)DAPI和H3K36ac信号的叠加。图中的白线表示使用ImageJ软件进行分析通过细胞核的截面。(E)DAPI(蓝色)和H3K36ac(红色)荧光强度的定量线谱。(F)X-ChIP检测采用IgG、抗H3和抗H3K36ac的抗体,而引物是针对活性的ACTIN7基因和沉默的Ta2转座因子。 接着,作者进行了天然状态下的ChIP-seq实验,以确定H3K36ac在单...
包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收,将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA,同时结合qPCR(ChIP-qPCR)可用于检测已知蛋白与特定结合位点的DNA是否结合以及结合的强度,结合二代测序(ChIP-seq)可用于分析目标蛋白在全基因组内的结合情况,用于下游基因的...
提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必要拿去测序。注意:IgG管,Anti-target管统称为IP管,都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程(IgG管使用normal IgG结合,Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合,后续均使用Protein A/G磁珠捕获,并洗脱目的DNA)。Input管不需要进行免疫沉淀流程,直接进入...
(D)DAPI和H3K36ac信号的叠加。图中的白线表示使用ImageJ软件进行分析通过细胞核的截面。(E)DAPI(蓝色)和H3K36ac(红色)荧光强度的定量线谱。(F)X-ChIP检测采用IgG、抗H3和抗H3K36ac的抗体,而引物是针对活性的ACTIN7基因和沉默的Ta2转座因子。 接着,作者进行了天然状态下的ChIP-seq实验,以确定H3K36ac在单...
根据原文,ChIP-Seq的流程如下: 先用Bowtie(0.12.7)把RYBP, Cbx7, Ring1B, Suz12,和H2AK11Ub的ChIP-Seq产生短读(reads) 比对到小鼠的参考基因组上(NCBIM37),参数允许seed联配时有2个错配。 使用MACS(1.4.1)寻找可能的结合位点,也就是基因组中大量短读片段富集的区域。MACS比较这些区域在对照组和实验组...