上方的线图(profile plots)显示了跨越TSS前后1千碱基对(kb)区域的信号的平均密度,展示了特定区域修饰的平均水平。 下方的热图(heatmap)则展示了单个基因水平上的变化。每一行代表一个基因的TSS附近区域,而颜色的深浅表示信号的强度 GBM_H3K27AC类似于DIPG_H3K27AC列,但在TSS区域的信号密度上,显示出在某些基因上...
dba.plotProfile,这个核心的Heatmap成图就很厉害。 今天,我花了快一个多小时来探索,如何自定义Heatmap的颜色,正常的需求就是按列的样本来设定不同的color 我才发现dba.plotProfile函数被用了两次,第一次是生成数据,第二次是绘图。 核心的参数有三个: sites=tmp.gr,这个决定了row的peak list,如果就是一个Grange...
接着呢, 我们还需要使用deepTools → computeMatrix获取画热图的数据 最后, 我们就可以使用deepTools → plotHeatmap画图了 就得到下面这张图了 从图中可以看出来 R1 normalized的结果并不是太好, 也可能是前面参数的设置问题 本教程呢也只能算是用Galaxy分析chip-seq数据的入门级教程了, 大家也可以参考galaxy网站上...
● Heatmap of ChIP binding to TSS regions promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000) tagMatrix <- getTagMatrix(ring1B, windows=promoter) tagHeatmap(tagMatrix, xlim=c(-3000, 3000), color=”red”) Average Profile of ChIP peaks binding to TSS region ● Confidence ...
tagHeatmap函数查看TSS(转录起始位点)上下游3kb区域peak的分布情况: 代码语言:javascript 复制 ##加载对应的TxDb包library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)txdb<-TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene peak<-readPeakFile(files[[4]]) 代码语言:javascript ...
一般蛋白因子在基因组的结合位置取决于其类型,如转录因子一般结合在基因上游的TSS区域,而组蛋白一般结合在基因body区域。所以,为了评估富集的DNA片段是否符合实际情况,可以通过下面的profile和heatmap图来评估。 scale-regions computeMatrix scale-regions -S sample.bw \ ...
heatmap(read_counts, ColSideColors = group, labRow = "", cexCol = 0.75) 做个热图大概长这样吧(做图水平有点糙,不要介意) 可能上述的代码大家都不是很理解,和这个图的含义。不过没关系,以后随着笔记的深入我想大家会逐渐有一个清晰的认识。
用tagHeatmap对窗口进行可视化,绘制热图 tagHeatmap(tag, xlim=c(-3000, 3000),color="blue") 通过plotAvgProf函数绘制峰在转录起始区域结合的平均强度 plotAvgProf(tag, xlim=c(-3000, 3000), xlab="Genomic Region (5'->3')", ylab = "Read Count Frequency") ...
6.2.1 Heatmap of ChIP binding to TSS regions tagHeatmap(tagMatrix,xlim=c(-3000,3000),color="red") suz12_Heatmap of ChIP peaks binding to TSS regions.jpeg 备注,下面这个代码可以一步生成上面这个图 peakHeatmap(suz12, TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000, color="blue") ...
TSS, TES, center 如果只想单独生成ChIP-seq信号谱图可以使用 plotProfile 命令 plotProfile 的基本使用参数与 plotHeatmap 一致，这里就不再过多介绍。以上就是使用deeptools生成ChIP-seq信号热图和谱图的简单例子，deeptools官方文档及其Gallery还有许多高级的用法与例子，有兴趣的同学可以深入学习。完。