但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
作者选择ABA作为诱导剂，研究胁迫下复杂的基因调控网络，ABA是一种发育和对渗透胁迫的反应所必需的重要植物激素。将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE...
CHIP-seq ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区段信息。ChIP-chip 染色...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。这里给大家介绍几个专业名词：Peak calling：查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peaks出现的位置，是TF结合的热点，而peak calling就是...
通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。
辉骏生物使用ChIP-qPCR、ChIP-seq等技术在染色质免疫共沉淀ChIP研究实验技术服务超10年,公司在DNA与蛋白相互作用研究方面经验丰富,自有实验场地,ChIP外包代作服务价格优惠,实验数据已协助发表上千位客户发表高分论文
这里需要知道,ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白,进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。理论上,只要抗体设计的好,与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 我们一般用 ChIPseq 检测转录因子的结合,以及检测组蛋白修饰,二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰,峰型高,而且窄: ...
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果: 比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也...