(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇#生信分析 #组蛋白 #甲基化 #生物信息学 #表观遗传学 - 易基因科技于20240626发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
为了验证PPAR2是否对MYH7基因具有靶向调控作用,我们采用了ChIPseq双荧光素酶报告基因技术进行深入研究。实验结果表明,PPAR2确实能够特异性地结合到MYH7基因的启动子区域。 我们利用ChIPseq技术对PPAR2在细胞内的结合位点进行了高通量测序分析。通过比对基因组数据,我们发现PPAR2在MYH7基因的启动子区域存在显著的富集峰,这...
转录因子的chip-seq不一定需要qpcr验证，但如果对转录因子进行敲除或knockdown，又不愿意做chip-seq，可对靶基因进行chip-qpcr。做western如果是转录因子，作用位置应该在核内，但有一些TF是细胞质易位到细胞核，所以看你关心的是总量还是什么，是否存在特殊修饰等等，根据需求选择。
实验结果表明:ChIP-seq初步验证了MYH7是PPARγ_(2)直接调控的可能靶向基因;经基因测序验证MYH7野生型和突变型荧光素酶质粒(pgl3-basic-MYH7-WT,pgl3-basic-MYH7-mut)构建成功;双荧光素酶报告基因检测显示,与MYH7-WT+pcDNA3.1组的相对荧光素酶活(0.366±0.021)相比,MYH7-WT+pcDNA3.1-PPARγ_(2)组的相对荧光素...
ATAC-seq/ChIP-seq | ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 ...