■引入突变后,荧光素酶实验验证转录因子结合的motif,并证明结合后直接调控靶基因的表达; ■超级增强子。 01 简单验证 (1)目标基区域转录因子结合/组蛋白修饰的验证:CHIP-qPCR (2)检测目标基因的mRNA表达水平:RT-qPCR (3)检测目标基因蛋白质表...
高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇#生信分析 #组蛋白 #甲基化 #生物信息学 #表观遗传学 - 易基因科技于20240626发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证要点:(1)实验设计:尽量进行实验组别设计和生物学重复检测,提高后续验证的阳性率。常规过表达单组(Ab IP vs IgG IP);动态互作组学(实验组vs对照组vs IgG组)。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以ChIP-Seq数据进行互作组标准分析,则需要3-4组生物学重复;如果后续以寻找关键互作DN...
对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预测的motif对应的peak两端序列进行引物设计(1),或者利用可视化的软件(如IGV)对peak最明确的位置对应的序列进行引物设计(2)。若前期未进行seq实验,也可利用一些ChIP数据库(如Cistrome DB)查看其他学者是否有进行对应蛋白的ChIP实验,利用别人的结果进行验证(3)。此外,若研究的...
验证：通过qPCR对ChIP结果进行验证。高通量测序：准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库，质检及测序。图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍，那么介绍完这个实验之后，这个实验除了本文开头提到的寻找...
解交联:input可直接解交联,纯化得到断裂后的基因组DNA,实验组和control需洗脱得到抗体-目的蛋白-DNA复合物,去除非特异性结合的DNA片段,使用蛋白酶K/NaCl处理进行解交联,最后将DNA片段纯化回收(下图-5) 验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-Seq建库,质检及测序(下图-6/7) 要...
实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或转录因子结合位点。在设计好引物后，进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行，使用2-△△CT法进行...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写的是ChIP-PCR)的方法哦! 5.3 ChIP-seq研究核小体定位图谱