■引入突变后,荧光素酶实验验证转录因子结合的motif,并证明结合后直接调控靶基因的表达; ■超级增强子。 01 简单验证 (1)目标基区域转录因子结合/组蛋白修饰的验证:CHIP-qPCR (2)检测目标基因的mRNA表达水平:RT-qPCR (3)检测目标基因蛋白质表...
ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 引入突变后,荧光素酶实验验证转录因子结合的motif,并证明结合后直接调控靶基因的表达 超级增强子 一...
二、转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 (1)转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰:基因的突变/敲降/敲除/过表达、相关蛋白的抑制剂 (2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA...
三、干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇 此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下...
Chip-Seq 实验旨在验证一个特定的转录因子与 DNA 是否相互作用。在实验前,研究者已经确定了感兴趣的转录因子。通过设计针对该转录因子的抗体,进行 Chip 实验以捕获与之结合的 DNA 片段。这种方法有助于鉴定特定蛋白质与 DNA 之间的相互作用。 相比之下,ATAC-Seq 技术不针对特定的转录因子,而是用于检测全基因组范围...
ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达引入突变后...
验证：通过qPCR对ChIP结果进行验证。高通量测序：准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库，质检及测序。图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍，那么介绍完这个实验之后，这个实验除了本文开头提到的寻找...
ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证要点:(1)实验设计:尽量进行实验组别设计和生物学重复检测,提高后续验证的阳性率。常规过表达单组(Ab IP vs IgG IP);动态互作组学(实验组vs对照组vs IgG组)。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以ChIP-Seq数据进行互作组标准分析,则需要3-4组生物学重复;如果后续以寻找关键互作DN...
2、确定组蛋白的修饰情况，检查不同组蛋白之间结合相同的基因在TSS上的位置，这样可以看出缺少某一类组蛋白之后，基因是否表达，验证这个组蛋白具有的功能和意义；3、比较组蛋白亚基之间在基因组上结合的基因的包含关系；4、利用ChIP-seq也可以得到核小体定位图谱；5、 ChIP-seq也可研究DNA甲基化情况。实验周期 60天...