将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性...
ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 引入突变后,荧光素酶实验验证转录因子结合的motif,并证明结合后直接调控靶基因的表达 超级增强子 一...
二、转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 (1)转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰:基因的突变/敲降/敲除/过表达、相关蛋白的抑制剂 (2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA...
三、干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇 此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达引入突变后...
ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证要点:(1)实验设计:尽量进行实验组别设计和生物学重复检测,提高后续验证的阳性率。常规过表达单组(Ab IP vs IgG IP);动态互作组学(实验组vs对照组vs IgG组)。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以ChIP-Seq数据进行互作组标准分析,则需要3-4组生物学重复;如果后续以寻找关键互作DN...
验证：通过qPCR对ChIP结果进行验证。高通量测序：准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库，质检及测序。图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍，那么介绍完这个实验之后，这个实验除了本文开头提到的寻找...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...