转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
peak=GenomicRanges::GRangesList(WG1=readPeakFile("8WG16-1.sorted.bam_peaks.narrowPeak"),WG2=readPeakFile("8WG16-2.sorted.bam_peaks.narrowPeak"))#(先指定的在右侧,这个比较奇怪,所以以后还是要改成2号在前) 使用ChIPseeker包中的readPeakFile函数将bed文件读入到R,并存储为GRanges对象 covplot(peak,...
macsPeaks_GR 3. 基因注释 由于转录因子,如名称所示,可能调节其靶基因的转录,我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 代码语言:javascript 复制 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-...
profile是一个生信分析中的高频词汇,在不同组学数据中有不同的含义,在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注释内容就是查看peak区域的reads在各个染色体上的分布,示意如下 enrichment代表的是富集,这里的富集是针对某个特征位点而言的,比如最常见的在转录起始位点两侧peak reads的分布图,示意如下 折...
我们用的MACS2来进行call peak的。 我的样本是:input,CK,treatment ===首先肯定是比对得到bam文件=== ===下面就是call peak了=== macs2 callpeak -t treatment.sort.bam -c Input.sort.bam -f BAMPE -g 2.1e9 -n treatment -B -q 0.05 macs2 callpeak -t CK.sort.bam -c Input.sort.bam -f...
两种注释策略面对不同的研究对象,第一种策略,peak所在的位置可能就是调控本身(比如你要做可变剪切的,最近基因的注释显然不是你关注的点);而做基因表达调控的,当然promoter区域是重点,离结合位点最近的基因更有可能被调控。在R里打输出的对象,它会告诉我们ChIPseq的位点落在基因组上什么样的区域,...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TS...
3. 基因注释 由于转录因子,如名称所示,可能调节其靶基因的转录,我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-1000,1000),TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC....