1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就越大,丢失的...
我们先如下打开NCBI的引物设计页面: 在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大...
2️⃣ 引物设计要点 📏 引物长度建议20-23bp,退火温度相近,GC含量约50%。 🚫 避免非特异性扩增,可使用Primer-Blast等软件验证。 📐 产物长度一般不超过150bp,以适应ChIP实验特点。3️⃣ 引物特异性检验 🧪 在ChIP样品上运行qPCR预实验,验证引物的效率和特异性。 📖 通过琼脂糖凝胶电泳检查引物特异...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
步骤一：使用参考文献提供的序列。若已有相关文献，可以直接引用文献中的 ChIP-qPCR 引物序列，这通常已通过验证。步骤二：查阅 ChIP-Seq 数据。Shirley Liu Lab 推出的 Cistrome Data Browser 收集了大量 ChIP-Seq 数据，通过筛选高质量数据，可以为设计引物提供可靠的依据。选择目标物种、细胞或组织类型、...
Chip qPCR 引物定制(定位设计) 分类:PCR引物定制 品牌:BioTNT 货号:cust-Chipp 原价:询价 现价:￥ 节省:￥Label 特异性种属:human(人) / mouse(小鼠) / rat(大鼠) 类型:Chip qPCR 引物定制(定位设计) 规格:200ul*10um*2 产地:BioTNT产品参数 Chip qpCR定位设计: 1).查找该基因的启动子区域; 2)....
我完全跑偏了🥺想起来我要做的事是设计ChIP引物来着,找到了一篇abclonal的指南,很详细https://abclonal.com.cn/primer-design/ mark一下,做完实验晚上再研究研究吧✊🏻 赞 回复 橙子 2022-07-21 23:36:11 楼主救命…看了你上面那个链接依然没有get到chip引物设计的方法😭我想要一段一段的设计引物,但...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ...