ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。 2、peak注释 所谓的peaks注释,...
它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA 交联在一起。 裂解:用裂解缓冲液破碎细胞膜,释放染色质。 1.2 染色质剪切 剪切:使用超声波或酶处理将染色质剪切成小片段(通...
Chip-seq是一种结合了染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(sequencing)的技术,用于研究特定蛋白质与DNA之间的相互作用。通过该技术,我们可以确定蛋白质与DNA的结合位点,并进一步了解这些结合位点在基因调控中的作用。 二、实验步骤 1. 交联:首先,将细胞或组织交联,使DNA与蛋白质相互交联形成复合物。这一步骤可以使用甲...
4.一般在做CHIP-Seq时，会加入一组空白对照，提高峰（Peak）质量，这是为什么？①一般检测出的峰值会...
Chip-seq技术的流程包括以下步骤: 1. 样品制备 样品制备是Chip-seq实验的第一步。样品可以是细胞、组织或DNA-protein复合物。样品制备的关键是保持样品的完整性和质量。对于细胞和组织样品,需要进行细胞裂解和核提取;对于DNA-protein复合物,需要进行交联和裂解。 2. 免疫共沉淀 免疫共沉淀是Chip-seq实验的核心步骤...
第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质样品一起孵育,使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与特定蛋...
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
ChIP-Seq原理 首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DN...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
Chip-seq 的实验流程 Chip(染色质免疫沉淀)实验的基本步骤大致如下: 通过使用甲醛交联蛋白质和 DNA,确保它们结合,从而能够识别互作位点 采用超声波技术对 DNA 链进行片段化处理 进行染色质免疫沉淀,这是 Chip 实验的核心环节。通过使用特异性抗体捕获目标蛋白,形成 DNA-蛋白质复合物,并进行孵育和离心,以收集免疫沉淀...