ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,用于研究蛋白质-DNA 相互作用和基因组中的染色质修饰。它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA ...
客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——qPCR分析 ChIP-seq服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-D...
以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向： 1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况，以剖析表观遗传特征和生物学功能；2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点，解析该转录因子作用的通路信息；3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱，核小体定位在转录调控，DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用；4、ChIP-s...
scChIP-seq开发了几种ChIP-free方法:单细胞染色质免疫裂解测序(scChIC-seq)和单细胞uliCUT&RUN,它们基于CUT&RUN方法,采用MNase和蛋白A融合蛋白(protein A fusion proteins)检测具有特异性抗体的裂解靶点。通过严格实验步骤进行文库制备,每个细胞可产生约4100个不重复reads,缺点是reads比对率比较低(∼6%)。另外还有三...
Chip-seq 的实验流程 Chip(染色质免疫沉淀)实验的基本步骤大致如下: 通过使用甲醛交联蛋白质和 DNA,确保它们结合,从而能够识别互作位点 采用超声波技术对 DNA 链进行片段化处理 进行染色质免疫沉淀,这是 Chip 实验的核心环节。通过使用特异性抗体捕获目标蛋白,形成 DNA-蛋白质复合物,并进行孵育和离心,以收集免疫沉淀...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。
1.ChIP-Seq 1) 实验原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600 bp范围内,再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,纯化之后进行文库的构建并测序。 2)实验流程 图1. ChIP-Seq实验流程 3)实验难点 » 时间长,一次实验需要2~...
ChIP-seq免疫沉淀实验方法 免疫沉淀实验步骤分享: 1.将含有被消化的染色质的上清液的10 μL转移到一个1.5 mL的试管中,并在-20°C下保存。这是来自一个样本的10%的总input样本。 2.将剩余的90 μL上清液转入410 μL的1X IP稀释缓冲液中 3.添加一抗...
7.5 ChIP富集后的DNA Qubit检测浓度（ChIP-seq项目-质控5）例如:IP组: 1 ng/μl IgG组: 0.2 ng/μl 结果说明：一般IP组产物DNA浓度远大于阴性对照组IgG产物浓度。项目总结：本次实验的目的是使用ChIP-seq或者ChIP-qPCR的方法，通过在目的细胞中运用针对目标蛋白的抗体把相应的DNA-蛋白复合物沉淀下来，经过...