3.3 峰值调用 峰值调用:识别在 ChIP-seq 数据中富集的区域,通常使用工具如MACS2、SICER或 PeakAnalyzer。 3.4 数据可视化 可视化:使用工具(如 IGV、UCSC Genome Browser)可视化比对结果和峰值数据。 绘图:生成热图、折线图等,用于展示富集区域和信号强度。 3.5 注释与功能分析 功能注释:将富集的峰值与基因组注释数据(...
ChIP-seq服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——文库构建——Hiseq上机测序、数据质控 其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR...
确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II 及转录因子结合位点:RNA polymerase II 是真核生物中负责转录蛋白质编码基因的主要酶,Chip-seq 有助于准确识别 RNA polymerase II 及其可能的同系物在基因组上...
推荐三个生物重复,但两个现在也能接受(最粗略的实验设计就是:每个ChIP样本2个重复,input只有一个没有重复) 如果样本间的本质差异越大,越需要设置重复,例如从不同人取的样本。 五、易基因染色质免疫共沉淀测序项目文章案例 (一)组蛋白修饰ChIP-seq Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitat...
scChIP-seq开发了几种ChIP-free方法:单细胞染色质免疫裂解测序(scChIC-seq)和单细胞uliCUT&RUN,它们基于CUT&RUN方法,采用MNase和蛋白A融合蛋白(protein A fusion proteins)检测具有特异性抗体的裂解靶点。通过严格实验步骤进行文库制备,每个细胞可产生约4100个不重复reads,缺点是reads比对率比较低(∼6%)。另外还有三...
经过上面的实验后，就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/）或Fastx-toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_...
ChIP-seq免疫沉淀实验方法 免疫沉淀实验步骤分享: 1.将含有被消化的染色质的上清液的10 μL转移到一个1.5 mL的试管中,并在-20°C下保存。这是来自一个样本的10%的总input样本。 2.将剩余的90 μL上清液转入410 μL的1X IP稀释缓冲液中 3.添加一抗...
1.ChIP-Seq 1) 实验原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600 bp范围内,再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,纯化之后进行文库的构建并测序。 2)实验流程 图1. ChIP-Seq实验流程 3)实验难点 » 时间长,一次实验需要2~...
CHIP-seq实验可以分析特定蛋白质结合的基因位点,从而探究蛋白质与基因表达的关系。以下是CHIP-seq实验的详细步骤:1️⃣ 交联:使用交联剂将蛋白质与其结合的DNA紧密结合。交联是非特异性的,所以所有与DNA结合的蛋白质都会紧密结合。2️⃣ DNA片段化:将长片段的DNA打成小片段(约200bp)。3...