组蛋白修饰可以与DNA甲基化共同发挥作用的,因此,有些研究是将ChIP-seq与WGBS技术联用,例如下面这篇New Phytol杂志发表题为“SlJMJ7 orchestrates tomato fruit ripening via crosstalk between H3K4me3 and DML2-mediated DNA demethylation”的研究论文,联合ChIP-seq、WGBS以及RNA-seq,发现了SlJMJ7调控番茄成熟的表观...
ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围,然而其只能在明确感兴趣的蛋白(或转录因子)后,才能针对性富集相应的DNA,因此,ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。 (1)顺式调控元件 Promoter Enhancer/Super enhancer Silencer Operator (2)反式作用因子 转录因子 ...
ChIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组...
chip-seq应用案例 Chip-Seq应用案例 一、简介 随着基因组学和生物信息学的发展，Chip-Seq技术已经成为研究基因表达调控的重要手段。Chip-Seq技术通过将基因组DNA与蛋白质进行共沉淀，并利用高通量测序技术对沉淀的DNA进行分析，能够精确定位蛋白质与DNA的结合位点，揭示基因表达的调控机制。本篇文章将介绍几个Chip-Seq...
应用[1-2] 案例一:通过ChIP-seq研究转录因子ARK1结合进化上保守的靶基因调控杨树木质部生长 作者选取野生型和ARK1过表达的杨树植株进行ChIP-seq分析,识别ARK1在杨树全基因组的结合位点。共获得了14463高显著的peaks,并预测到了13944个靶基因,且ARK1的结合位点高度集中于靶基因转录起始位点的附近(图1)。此外,通过...
Chip-seq技术包含以下几个主要步骤: 2.1 将细胞/组织中的蛋白质与DNA进行交联,以固定蛋白质与其结合的DNA序列。这可通过甲醛等交联剂进行。 2.2 将细胞核提取,并使用超声波或酶等方法破碎细胞核,使DNA片段化。然后使用特定抗体与目标蛋白质结合,并使用恒定的磁珠或分离技术富集含有蛋白质-DNA复合物的片段。 2.3 将...
CHIP-seq作为一种生物信息学工具，其基于DNA测序的数据为科研人员提供了深入探索生物领域的新途径。以下是其应用的主要领域：首先，通过CHIP-seq，研究人员能够精确地判断DNA链上特定位置的组蛋白修饰类型，这对于理解基因调控机制具有重要意义。其次，CHIP-seq技术能帮助检测RNA polymerase II以及其他转录因子...
ChIP-seq是一种结合了染色质免疫共沉淀技术和二代测序的分析方法，主要用于研究蛋白质与DNA的相互作用。ChIP-seq包括两大类应用：TF ChIP和Histone ChIP。其原理流程为：1. Crosslinking：通过甲醛固定目标蛋白与染色质，确保结合稳定性。2. 细胞裂解提取核DNA，进行超声打断或核酸酶消化，形成DNA片段。3...
首先利用chip数据识别到增强子区域,然后对增强子区进行合并, 距离在12.5kb范围内的增强子合并为一个区域,最后将合并后的区域和未合并的区域根据某种score进行排序,画出第三步的图,将斜率在1以上的区域称之为超级增强子。 上述就是小编为大家分享的chip_seq在增强子研究中的应用是怎样的了,如果刚好有类似的疑惑,不妨...