ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围,然而其只能在明确感兴趣的蛋白(或转录因子)后,才能针对性富集相应的DNA,因此,ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。 (1)顺式调控元件 Promoter Enhancer/Super enhancer Silencer Operator (2)反式作用因子 转录因子 ...
组蛋白修饰可以与DNA甲基化共同发挥作用的,因此,有些研究是将ChIP-seq与WGBS技术联用,例如下面这篇New Phytol杂志发表题为“SlJMJ7 orchestrates tomato fruit ripening via crosstalk between H3K4me3 and DML2-mediated DNA demethylation”的研究论文,联合ChIP-seq、WGBS以及RNA-seq,发现了SlJMJ7调控番茄成熟的表观...
chip-seq应用案例 Chip-Seq应用案例 一、简介 随着基因组学和生物信息学的发展，Chip-Seq技术已经成为研究基因表达调控的重要手段。Chip-Seq技术通过将基因组DNA与蛋白质进行共沉淀，并利用高通量测序技术对沉淀的DNA进行分析，能够精确定位蛋白质与DNA的结合位点，揭示基因表达的调控机制。本篇文章将介绍几个Chip-Seq...
染色质免疫共沉淀—高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 应用[...
利用Chip-seq技术可以鉴定某一蛋白质与其他蛋白质的结合位点,从而研究蛋白质相互作用的网络和调控机制。这对于理解细胞中复杂的蛋白质相互作用网络非常重要。 4. Chip-seq技术通过结合蛋白质和DNA的特异性相互作用,可以帮助研究者揭示蛋白质与DNA调控的机制和生物学过程。其应用涵盖了转录因子结合位点鉴定、甲基化位点鉴...
ChIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组...
chip_seq在增强子研究中的应用 欢迎关注”生信修炼手册”! 增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列,可以显著提高靶标基因的转录活性,属于顺式作用元件的一种。 1981年Benerji在SV40 DNA中发现一个140bp的序列,可以大大提高血红蛋白融合基因的表达水平,位于SV40 早期基因的上游, 由两个...
ChIP-seq组蛋白特异性修饰位点应用 ?相关技术服务: 1、 DNA亲和纯化测序(DAP-seq):高通量检测转录因子或DAN结合蛋白在基因组上的结合位点。 2、 酵母单杂交:DAP-seq后续验证服务。 3、 EMSA:验证蛋白和DNA是否结合,可用于DAP-seq的后续验证。 4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析: 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数...
应用：ChIP 用来在空间上和时间上沿基因或基因组定位：*转录因子和辅因子结合作用 *复制因子和 DNA ...